Almenn og sérhæfð atriði um efnatengi og sameindabyggingu. Efnahvörf. Lofttegundir, vökvar, föst efni og lausnir. Varma- og hraðafræði efnahvarfa. Efnajafnvægi: sýru-basa, fellingar-, komplex- og afoxunar. Rafefnafræði og kjarnefnafræði.

Mólrúmmál loftkenndra efna, Efnafræðileg varmafræði, Vermi hvarfa og lögmál Hess, Hraði efnahvarfa, niðurbrot vetnisperoxíðs, Le Chatelier, ákvörðun jafnvægisfasta með ljósgleypnimælingum, ákvörðun jónunarfasta sýru.

Skyldumæting er í öryggisfyrirlestur í fyrstu kennsluvikunni.

Námskeiðið taka nemendur í líffræði samhliða bóklega námskeiðinu Almenn efnafræði L.

Plöntur sem lífverur. Bygging og starfsemi plöntufrumna. Ljóstillífun. Innri og ytri bygging plantna, vöxtur og æxlun. Ættliðaskipti, þróun, lífsferlar og einkenni helstu hópa plantna. Fjallað verður um mosa og útdauðar og núlifandi æðplöntur en mest áhersla lögð á blómplöntur. Þróun og gerð fræja, blóma og aldina. Helstu lífbelti jarðar. Gróður á Íslandi.

Verklegar æfingar: Dæmi skoðuð af ytri og innri byggingu plantna úr helstu hópum. Frumu- og vefjagerðir, fræ, blóm og aldin. Áhrif umhverfis á ytri og innri gerð plantna.

Próf: Verklegt (20%) og skriflegt próf (80% heildareinkunnar). Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Fyrirlestrar: Lögmál Mendels. Erfðamynstur. Kynlitningar, mannerfðafræði, umfrymiserfðir. Litningar, bygging litninga. Frumuskipting (mítósa og meiósa), lífsferlarTengsl, endurröðun og kortlagning gena í heilkjörnungum. Bakteríuerfðafræði. Kortlagning gena í heilkjörnungum, fernugreining. Arfgerð og svipgerð. Litningabreytingar. Erfðaefnið DNA. Eftirmyndun. Umritun. Próteinmyndun. Stjórn genastarfs. Erfðatækni. Erfðamengjafræði. Stökklar. Stökkbreytingar. Viðgerðir og endurröðun. Greiningartækni erfðavísinda. Tilraunalífverur.

Verklegar æfingar: I. Ávaxtaflugan Drosophila melanogaster. II. Mítósa í laukfrumum. III. Plasmíð og skerðiensím. IV.DNA mögnun. V. Grósekkir Sordaria fimicola.

Próf: Verklegt og dæmatímar 25%, skriflegt 75%. Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Í námskeiðinu er fjallað um undirstöðuatriði stærðfræðigreiningarinnar auk fylkjareiknings. Meginviðfansefni eru fallahugtakið, helstu föll stærðfræðigreiningarinnar (lograr, veldisvísisföll, hornaföll), markgildi, samfelldni, deildanleg föll, reglur um afleiður, afleiður af hærra stigi, stofnföll, notkun deildareiknings (svo sem  útgildisverkefni og línuleg nálgun), meðalgildissetningin, heildun, ákveðin heildi og reiknireglur fyrir þau, undirstöðusetning stærðfræðigreiningarinnar, heildunartækni, óeiginleg heildi, afleiðujöfnur, vigrar og fylkjareikningur.

Námskeið fyrir nemendur í líffræði. Í fyrirlestrum, sem eru sameiginlegir með námskeiðinu Efnafræði II (EFN205G), verður höfð hliðsjón af viðfangsefnum líffræðinnar. Farið verður yfir flesta flokka lífrænnar efnafræði, þ. e. alkana, alkena, alkýna, arómata, alkýl halíð, alkóhól, etera, aldehýð, ketóna, lífrænar sýrur, sýruafleiður og amín. Farið verður yfir grundvallaratriði í rúmefnafræði sameinda nemendur læra að finna út hvenær sameind er hendin og hvenær hún er ljósvirk.

Mörg þeirra efna sem við notum í okkar daglega lífi (plast, lyf, lím o.fl.) eru framleidd fyrir tilstilli lífrænnar efnafræði. Lyfjaiðnaðurinn er gott dæmi þar sem nauðsynlegt er að geta smíðað rétt efni, einangrað/hreinsað þau og borið kennsl á hvort rétt efni hafi verið smíðað.

Í þessu námskeiði munu nemendur fá þjálfun í grunnaðferðunum sem notaðar eru í verklegri lífrænni efnafræði og nýtist í efnaiðnaði. Einnig munu nemendur öðlast þjálfun í greiningu á niðurstöðum og skrifum á vísindalegum skýrslum.

Í námskeiðinu kynnast nemendur þeim hluta lífheimsins sem er almennt ekki sjáanlegur með berum augum.  Þeir fá tækifæri til að öðlast grundvallar þekkingu á eiginleikum baktería, arkea, veira og heilkjarna örvera.  Í námskeiðinu verður m.a. annars fjallað um hvernig örverur eru undirstaða lífs á jörðinni, hlutverk þeirra í vistkerfum, hvernig sumar þeirra valda sjúkdómum eða eru mikilvægar í rannsóknum og iðnaði.  Nemendur fá innsýn í störf örverufræðinga og verklega þjálfun sem er nauðsynleg fyrir hvers kyns störf á rannsóknarstofum

 Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi dýra. Fjallað verður um grundvallaratriði í flokkunarfræði, þróun og tengsl fylkinga. Gefið verður yfirlit yfir líkamsbyggingu og starfsemi, þroskun, lífsferla og lifnaðarhætti helstu fylkinga hryggleysingja. Fjallað verður ítarlega um frumdýr, svampa, holdýr, flatorma, þráðorma, lindýr, liðorma, liðdýr og skrápdýr, auk þess sem fleiri fylkingar verða kynntar.

Æfingar: Skoðun og krufning tegunda úr helstu flokkum hryggleysingja. Skyldumæting í alla verklega tíma.

Í byrjun námskeiðsins eru grunnhugtök tölfræðinnar kynnt til sögunnar, svo sem þýði, úrtak og breyta. Nemendur kynnast hinum ýmsu lýsistærðum og myndrænni framsetningu gagna. Því næst verður farið í grundvallaratriði líkindafræðinnar og helstu líkindadreifingar kynntar.

Síðasti hluti námskeiðsins snýr að ályktunartölfræði þar sem skoðuð verða tilgátupróf og öryggisbil fyrir meðaltöl, dreifni og hlutföll og farið verður í fervikagreiningu og aðhvarfsgreiningu. Nemendur læra beitingu allra ofangreindra aðferða í tölfræðihugbúnaðinum R.

Fjallað verður ítarlega um grundvallaratriði fyrri hluta almennrar lífefnafræði, einkum eiginleika og myndbyggingu stórsameinda.

Efni fyrirlestra: Viðfangsefni lífefnafræðinnar; millisameindahrif lífefna í vatnslausnum; amínósýrur, peptíðtengi og myndbygging próteina; svipmótun próteina og stöðugleiki; sykrur og fjölsykrur; fitur og frumuhimnur; himnuprótein; ensím og hraðafræðilegir eiginleikar ensíma og stjórn ensímvirkni; ensímhvötun og hvarfgangar ensíma; boðflutningar og helstu ferli; himnuviðtakar; samsetning kjarnsýra og myndbygging; DNA stöðugleiki. Gefin er hluteinkunn fyrir miðannarpróf sem hefur vægið 15% af heildrareinkunn.

Vinnulag
Fyrirlestrar tvisvar í viku; 2 x 40 mín.  Miðannarpróf gildir 15% af lokaeinkunn.  Ekkert verklegt.  Haldnir eru 2x 40 mín. dæmartímar vikulega.

Námsmat
Lokapróf (3 klst): 85 %
Miðannarpróf: 15 %

Kennslubók
Nelson D.L. & Cox M.M. Lehninger: Principles of Biochemistry, 8th Edition, 2021

Aukaefni:
Fyrirlestrarglærur (PowerPoint).
Ítarefni svo sem þurfa þykir.

Fyrirlestrar: Inngangur. Þróun. Atferli. Söguleg og vistfræðileg líflandafræði. Stofnar: Dreifing einstaklinga, fæðingartölur, dánartölur, aldursdreifing, líftöflur, vöxtur stofna, stjórnun stofnstærðar, stofnsveiflur, far. Samspil tegunda: Samkeppni, afrán, aðrar samskiptagerðir. Nýting stofna. Stjórnun skaðlegra stofna. Samfélög: Lýsing, tegundasamsetning, tegundafjölbreytni, fæðuvefir, stöðugleiki, framvinda. Vistkerfi: Hringrás efna, orkurás, framleiðni, næringarkeðjur, neysluþrep, vistfræðileg nýtni. Vistfræði þurrlendis, sjávar og fersks vatns; kynning á íslenskum vistkerfum.

Verklegar æfingar: Æfingar fara fram á rannsóknarstofu og úti við, eftir því sem aðstæður leyfa. Lögð er áhersla á beitingu vísindalegrar aðferðar í vistfræði, breytileika og meðferð gagna. Gerðar eru m.a. athuganir á stofnvexti bifdýrastofna, athuganir á gróðri og dýralífi þurrlendis, á beltaskiptingu í fjöru og á straumvatni.  Mætingarskylda: í allar verklegar æfingar. 

Námsmat: Verklegar æfingar og málstofur vega 50% af lokaeinkunn, þar af ein viðameiri skýrsla sem kynna á munnlega. Tíu skriflegar æfingar gilda 50%. Lágmarkseinkunnar er krafist úr öllum námshlutum.

Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi hryggdýra. Fjallað verður um uppruna seildýra og hryggdýra. Gefið verður yfirlit yfir fósturfræði hryggdýra og helstu líffærakerfi þeirra. Rakin er þróunarsaga og uppruni helstu flokka seildýra og hryggdýra. Jafnframt er greint frá helstu aðlögunum þeirra að því umhverfi sem þau lifa í.

Æfingar: Krufning og skoðun mismunandi hryggdýra.

Kynntar verða helstu aðferðir við einangrun og greiningu á próteinum og eiginleikum þeirra. Áhersla verður lögð á hvötunareiginleika ensíma og mælingar á ensímvirkni. Farið verður í helstu kenningar um ensímvirkni, svo sem Michaelis-Menten jöfnu og nemendur bera saman gögn sín við kenningar. Nemendur munu vinna við einfaldar mælingar á próteinum og ensímhvörfum ásamt því að vinna úr mælingum og nýta hugbúnað í próteinfræðum.

Frumulíffræðin eru fyrirlestrar (4f á viku í 14 vikur): Inngangur að frumulíffræði, bygging og þróun heilkjörnunga. Megináherslan er á heilkjörnunga. Efnafræði fruma og orkubúskapur, gerð og eiginleikar stórsameinda. Bygging og hlutverk frumuhluta sem dæmi frumuhimnu, kjarna, hvatbera, grænukorna, frumugrindar, golgíkerfis, leysikorna og oxunarkorna. Stjórnkerfi og boðleiðir innan frumu og samskipti milli fruma ásamt frumusérhæfingu og krabbameinum. Utanfrumuefni er fjallað ítarlega um og grunnatriði ónæmisfræði.

Vefjafræði er stutt námskeið sem kennt er í tengslum við námskeið í frumulíffræði. Námskeiðið er byggt upp sem verklegt námskeið með stoðfyrirlestrum og standa fyrirlestrar og verklegar æfingar yfir í 5-6 vikur. Verklegar æfingar byggja fyrst og fremst á skoðun vefjasýna undir ljóssmásjá. Mætingarskylda er í verklega tíma. Lokapróf er haldið tveimur vikum eftir síðasta fyrirlestur og byggir það á sýningu smásjármynda/smásjársneiða og svörum við spurningum tengdum þeim vefjum sem til sýnis eru hverju sinni.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu vefjaflokka og uppbyggingu helstu vefja innan hvers flokks fyrir sig, ásamt því að gera nemendur sjálfstæða í notkun smásjár við skoðun vefjasýna. Í fyrirlestrum er fjallað um eiginleika einstakra vefja, einkenni og starfssemi ólíkra frumugerða og eiginleika millifrumuefnis í vefjasértæku samhengi. Einnig er fjallað sérstaklega um undirbúning sýna.

Þroskunarfræði er fag sem tengir mörg helsu fagsvið líf- og læknavísindanna og hafa margar af mikilvægustu uppgötvunum um hlutverk og virkni sameinda og frumulíffræðilegra ferla komið úr þroskunarfræðilegum rannsóknum. Markmið námskeiðsins er að nemendur að öðlist góða yfirsýn yfir helstu viðfangsefni á fagsviði þroskunarfræði og þekkingu á grundvallaratriðum í þroskun ólíkra hópa hryggdýra og hryggleysingja, allt frá lífverunni í heild yfir í hlutverk sameinda í stjórn þroskunarferla.

Helstu viðfangsefni bóklegra tíma: Hlutverk þroskaferla. Saga þroskunarfræðinnar og aðferðafræði. Þroskaferlar hjá einfrumungum. Tímgun og erfðablöndun. Helstu þroskunarmynstur fjölfruma dýra. Mörkun og ákvörðun frumuþroskunarferla. Erfðatæknilegar aðferðir í þroskunarfræði. Stjórn genatjáningar, - þroskunargen. Mikilvægi samskipta milli fósturfrumna. Bygging kynfrumna, frjóvgun og virkjun eggs. Fyrstu stig fósturþroskunar hjá völdum hryggleysingjum. Mörkun fósturöxla og líkamshluta hjá ávaxtaflugunni með stigskiptri stýringu gena. Fyrstu stig fósturþroskunar og mörkun fósturöxla hjá froskdýrum, fuglum og spendýrum. Afleiður fósturlaga og myndun líffæra hjá hryggdýrum. Þroskun tauga- og æðakerfis. Myndun útlima ferfætlinga. Kynákvörðun, kynþroski og myndun kynfrumna meðal hryggleysingja og hryggdýra. Þroskaferlar plantna. Þróun stýrikerfa þroskunar. Hagnýt þroskunarfræði.

Í verklegum æfingum er markmið námskeiðsins að nemendur öðlist þjálfun og færni í vinnu með smásæjan efnivið og smásjárgreiningu fóstra og styrki þekkingu sína á helstu þroskunarviðburðum og fósturhlutum ólíkra hópa. Jafnframt er lögð áhersla á að nemendur kynnist og fái æfingu í notkun gagnagrunna á sviði þroskunarerfðafræði og erfðafræði.

Æfingar: Notkun gagnagrunna og erfðamengisvafra; fósturþroskun og myndbreyting ávaxtaflugu; þroskun sebrafiska; þroskun hænufóstra.

Nemendaverkefni: Nemendur halda tvær kynningar og undirbúa kynningarefni um viðfangsefni sem tengist námskeiðinu. Hvor þeirra gildir 10% af heildareinkunn og er lágmarkseinkunnar (5,0) er krafist fyrir báðar kynningar.

Þróunarfræði: Darwin og þróun þróunarkenningarinnar.  Tré lífsins. Náttúrulegt val og aðlögun. Vélvirki þróunarinnar: Erfðabreytileiki sem hráefni þróunar og tilurð hans. Erfðafræði náttúrlegs val.   Þróun svipfarseiginleika. Hending í þróun og aðgreining stofna.Tegundir og tegundamyndun. Afleiðingar þróunar: Kynæxlun, Þróun lífsöguþátta. Barátta og samvinna. Samþróun meðal tegunda. Þróun gena og erfðamengja. Þróun og þroskun. Stórþróun og saga lífsins: Flokkun og þróunarsaga. Þróun og jarðsaga.  Landafræði þróunar. Þróun fjölbreytileika lífvera. Þróun fyrir ofan stig tegunda. Þróun manns og samfélag manns.

Fyrirlestrar: Innra umhverfi, himnuspenna, taugafruman, taugakerfi, hormónakerfi, skynjun, vöðvar, blóðrás, öndun, útskilnaður, vatnsbúskapur, melting, orkubúskapur, efnaskipti, æxlun. 

Verklegar æfingar: 1) Himnuspenna og boðefni. 2) Taug/beinagrindarvöðvi. 3) Viðbrögð líkamans við áreynslu.
Önnur verkefni: Áfangapróf verða lögð fyrir á misserinu og verkefni, eins og nánar er tilgreint í kennsluáætlun í upphafi námskeiðs.

Helstu lykiltegundir lífvera í vistkerfum Íslands. Kynntar verða aðferðir við rannsóknir í vettvangsrannsóknum í vistfræði. Lögð er áhersla á færni í þekkja helstu tegundir í flóru og fánu landsins, auk greiningu gagna og samanburð við fræðilega þekkingu um vistfræði búsvæða.  

Vettvangsferðir byrja fyrir formlegt upphaf haustmisseris. Kennsla getur bæði farið fram á virkum dögum sem og um helgar. 

Allir nemendur verða að mæta í námsferð og skila dagbók til að geta lokið námskeiðinu.

Plöntulífeðlisfræði fjallar um hvernig svipgerðir plantna verða til fyrir samspil umhverfis, þroskaástands, stjórnun erfðamengis, próteina og umbrotsefna, frumna og vefja, vistfræðilegs hlutverks og þróunarsögu. Námskeiðið samþættir fyrirlestra og umræður við vísindarit, vettvangsathuganir, tilraunir á rannsóknastofu, rannsóknir á lifandi plöntum og lífupplýsingafræði. Nemendur fylgjast með villigerðar- og stökkbreyttum Arabidopsis-plöntum í gegnum þroska, rannsaka Pinguicula og Honckenya á vettvangi á Íslandi og kanna sérhæfða starfsemi plantna með kjötætum plöntum á borð við Dionaea og Nepenthes. Viðfangsefni í erfðamengisfræði eru meðal annars bygging og skýring erfðamengja, genafjölskyldur, stjórnunarnet, fjöllitnun, færanlegir erfðaþættir, samraðaðar erfðamengissvæði, genatvöföldun og brottfall tvítekinna gena. Verkleg vinna felur í sér ræktun plantna, samanburðarlíffærafræði, lífeðlisfræðilegar og lífefnafræðilegar mælingar, svipgerðargreiningu á þroska og lífupplýsingafræðilega greiningu erfðamengja. Í öllu námskeiðinu er lögð áhersla á megindlegar athuganir, viðeigandi viðmið, tilraunahönnun, orsakahugsun, óvissu og að greina skýrt á milli beinna gagna og túlkunar við uppbyggingu samþættra skýringa frá erfðamengi til svipgerðar.

Meginmarkmið þessa námskeiðs er að kynna fyrir nemendum aðferðafræði á vettvangi, greiningu, náttúrusögu, kerfisfræði, þróun og vistfræði skordýra og áttfætlna, dýr sem saman mynda langfjölbreyttasta hóp lífvera á jörð. Áhersla verður á kerfisfræði í sinni víðustu merkingu, ræðum líffræðilegan fjölbreytileika, víddir hans og mælingar,  og hvernig við lærum um tengsl lífvera og uppgötvum nýar tegundir (skyldleikagreining og flokkunarfræði).  Á námskeiðinu er allir helstu hópar skordýra og áttfætlna (aðallega köngulær) kynntir. 

Nemendafyrirlestrar: Hver nemandi flytur fyrirlestur um nýjungar í skordýrafræði.

Æfingar: Lögð er áhersla á vettvangsferðir í byrjun annar, þarsem nemendur safna skordýrum og áttfætlum út í náttúrunni með ýmsum aðferðum. Þegar hægir á dýralífinu með haustinu færist verkleg kennsla inná rannsóknarstofuna. Þar munu nemendur eingöngu vinna með eignin dýr, og læra að greina þau og búa um þau eins og gert væri á náttúrugripasafni. Lokaverkefni í verklegu eru skil á skordýra- og áttfætlusafni hvers og eins nemenda. Verklegt próf verður í greiningu dýra.

Próf samtals 60% af einkunn, nemendafyrirlestrar 10%, verklegt próf 10% og skordýrasafn 20% af heildareinkunn.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Landnýting. Ólífrænar auðlindir, nýting og umhverfisáhrif. Sjálfbær þróun. Líffræðileg fjölbreytni í tíma og rúmi. Eyðing búsvæða, útdauði og válistar. Ágengar tegundir. Jarðvegur og eyðimerkurmyndun. Verndun landslags og víðerna. Siðfræði og saga náttúruverndar, íslensk náttúruverndarlöggjöf. Hagnýting vistfræðilegrar þekkingar til að leysa umhverfisvandamál, vistheimt, mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, rammaáætlun um vernd og nýtingu náttúrusvæða. Hnattrænar loftslagsbreytingar. Ein dagsferð á laugardegi í september. Nemendafyrirlestrar.

Námskeiðið skiptist í fyrirlestra, verklegar æfingar, umræður og nemendaverkefni.

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Helstu tilraunalífverur og erfðatæknilegar aðferðir við notkun þeirra kynnt. 
Námsefni er lagt fram af kennurum. 

Verklegar æfingar: Í námskeiðinu er höfuðáhersla á þjálfun í verklegum vinnubrögðum á rannsóknastofum í sameindalíffræði og virkri notkun vinnubókar.

Umræðutímar tengjast fyrirlestrum, verklegum æfingum og nemendaverkefnum.

Helstu efnisatriði námskeiðs:  Vinnubækur og vinnuseðlar, rafræn tól. Grunnatriði DNA vinnu og DNA klónunar. Plasmíð og plasmíðkort, vinna með DNA raðir. Grunnatriði vinnu með E. coli og plasmíð. Grunnatriði frumuræktunar og genaleiðslu í frumur. Tilraunalífverurnar E.coli, S. cerevisiae, A. thaliana, D. rerio, C. elegans, D. melanogaster og M. musculus. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og fjölfrumungu. CRISPR tækni og hönnun gRNA. RNAi og fleiri aðferðir til genabælingar og skilyrtrar genatjáningar. Flúrprótein og önnur próteinmerki og vísigen. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun, PCR, qPCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Sértæk greining próteina með mótefnum. Framleiðsla og notkun mótefna - western blettun, ónæmislitun fruma og vefja. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum.

Nemendaverkefni: Fjallað um nýlega aðferð eða aðferðahóp. Fyrirkomulag breytilegt frá ári til árs en miðar að því að þjálfa nemendur í heimildavinnu og miðlun vísindalegs efnis á fjölbreyttan hátt. Dæmi um framsetningu: Veggspjöld, ritgerðir, fyrirlestrar, myndbönd, vefsíður, hlaðvörp.

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Megináhersla námskeiðs er á einkenni lífverusamfélaga ferskvatnsvistkerfa og ólíkar gerðir þeirra. Fjallað verður um þætti sem móta samfélögin, með áherslu á efnafræðilega, eðlisfræðilega, vistfræðilega og þróunarfræðilega ferla. Kynnt verður efna- og eðlisfræði ferskvatns og tengsl þeirra við eiginleika vistkerfi vatna og áa, orkuflæði og næringarefnahringrásir. Helstu gerðir ferskvatnsvistkerfa verða ræddar, einkenni, flokkun og virkni. Áhersla verður á lífverur, stofna, samfélög og fæðuvefi í ferskvötnum sem og aðlögun lífvera að vatnalífi. Sérstaklega verður fjallað um íslensk ferskvatnsvistkerfi en erlend dæmi verða einnig krufin. Fjallað verður um umhverfisógnir sem steðja að ferskvatni; nýtingu, umgengni og verndun ferskvatnvistkerfa, sérstaklega vegna áhrifa mannsins. Þar með talið veiðar, ræktun og fiskeldi, og röskun ferskvatnskerfa vegna vatnsaflsvirkjana, mengunar og loftslagsbreytinga. Farin verður í feltferðir í ár, vötn og lindir, og þau könnuð m.a. með tilliti til rennslishátta, dýpis, lífríkis og mögulegra álagsþátta. Tekin verða sýni til skoðunar í rannsóknastofu og einfaldar mælingar gerðar.

Nemandi getur að fengnu samþykki námsbrautar fengið 2 e fyrir fyrirlestur eða veggspjald, sem hann er fyrsti höfundur að, og er framlag hans á vísindalegri ráðstefnu sem hann sækir.

Eingöngu er hægt að fá metið veggpjald eða fyrirlestur einu sinni á námsferli í BS og MS námi.

Fyrri hluti námskeiðsins byggir að stærstum hluta á fyrirlestrum nemenda. Nemendur munu velja viðfangsefni í fyrsta tíma námskeiðsins, lesa vísindagreinar því tengdu (sem kennari útdeilir) og flytja um það fyrirlestur. Áhersla verður lögð á sameindalíffræði veira og veirusýkinga. Nemendur skrifa að auki stutta samantekt um efni fyrirlestrar.

Í seinni hluta námskeiðsins, lotum 2-4, tekur við kennsla um ólíka sýklahópa. Fjallað verður um sveppi og sníkjudýr, bakteríusýkla og bakteríusjúkdóma, veirur og veirusjúkdóma. Fyrir hvern sýklahóp verður farið yfir helstu sjúkdómsvalda er sýkja menn, náttúruleg heimkynni þeirra og smitleiðir. Einnig um smitsjúkdóma af þeirra völdum, einkenni, greiningu, meðferð og fyrirbyggjandi aðgerðir. Á námskeiðsvef og glærum kennara kemur fram nákvæm útlistun á því efni sem nemendur eiga að tileinka sér. Boðið verður upp á fjölmörg æfingapróf sem nemendur geta spreytt sig á og umræðufund í lok námskeiðsins Þessi yfirferð er sameiginleg með námskeiði fyrir nemendur í hjúkrunarfræði (LÍF110G).  

Tölulegar aðferðir eru nauðsynlegur hluti margra greina líffræðinnar og nýtast við högun tilrauna og athugana, samantekt niðurstaðna og greiningu þeirra.

Nemendur læra þessar aðferðir og meðhöndla fjölbreytt gögn úr líffræði, auk þess að fá þjálfun í að túlka niðurstöður mismunandi aðferða.

Helstu aðferðir eru sennileikamat, línuleg líkön, aðhvarf og fervikagreining og alhæfð línuleg líkön til að greina talningar. Fjölbreytugreining. Endursýnataka (skóþvengur og umröðunarpróf). Kennt verður að nota tölfræðiforritið R til að framkvæma þær aðferðir sem fjallað er í fyrirlestrum. Nemendur leysa verkefni sem byggja á líffræðilegum rannsóknum og fá ítarlega þjálfun í notkun R.

Námsmat: Verkefni 30% og skriflegt próf 70%.Nemandi þarf að ná lágmarkseinkunn í báðum prófþáttum.

Ónæmiskerfið, líffæri og frumur. Ósérhæfðar varnir, átfrumur, kompliment, bólgusvör. Sérhæfðar varnir, þroskun og sérhæfing eitilfruma. Sértækni og greining eitilfrumna, starfsemi B- og T-frumna. Ónæmissvör, ónæmisminni, slímhúðarónæmi. Sjálfsþol og stjórnun ónæmissvara. Ónæmisbilanir, ofnæmi, sjálfsofnæmi og líffæraflutningar. Meðferð sjálfsofnæmis- og ofnæmissjúkdóma. Bólusetningar og varnir gegn smitsjúkdómum. Ónæmisfræðilegar greiningaraðferðir. Nemendafyrirlestrar um valdar vísindagreinar og umræður undir leiðsögn kennara.

Skyldunámskeið fyrir næringarfræðinema.

Lesnámskeið á framhaldsstigi um líflandafræði.

Innihald: Námskeiðið fjallar um landfræðilega dreifingu lífvera í tíma og rúmi, en því tengist fjölda annarra fræðigreina. Markmið námskeiðsins er að gefa nemendum innsýn í sögu tilgátna og hugmynda sem mótað hafa nútíma rannsóknir í líflandafræði. Í framhaldi af því verður farið í meginrannsóknir sem eru nú í gangi, með því að greina sérstakar undirgreinar líflandafræðinnar og tilgátur sem drífa áfram núverandi rannsóknir. Grunnskilningur á mynstrum í dreifingu lífvera og hvernig þau hafa mótast, viðhaldist eða breyst, er sérstaklega milkilvægur í dag í ljósi loftslagsbreytinga sem munu halda áfram að móta dreifingu lífvera.

Kennslufyrirkomulag og aðferðir: Kennari og nemendur leiða umræður um bókakafla
og vísindagreinar valdar af kennara.

Námsmat: Þátttaka og mæting 50%, stj́órn umræðu 50%

Markmið námskeiðsins er að efla þekkingu nemenda á grundvallarþáttum náttúruverndar, og hlutverki stjórnunar og skipulags í náttúruvernd hér á landi með tilliti til ferðamennsku innan friðlýstra svæða. Áhersla verður lögð á samspil verndunar og ferðamennsku, með sérstakri áherslu á líffræðilega og jarðfræðilega fjölbreytni. Farið yfir helstu álitamál um landnýtingu og náttúruvernd, sem og helstu ákvæði friðlýsingar og náttúruverndarlaga. Jafnframt verður skipulag ferðamennsku innan friðlýstra svæða rædd ásamt öryggismálum ferðamannastaða í náttúru Íslands. Kennd verða grundvallaratriði umhverfistúlkunar og leiðsagnar um náttúrusvæði. Nemendur munu enn fremur fá hagnýta reynslu í umhverfistúlkun og landvörslu og þar með talið móttöku gesta og þjónustuhlutverk landvarða.

Farnar verða fjórar vettvangsferðir á námskeiðstímanum. Ferðir og uppihald kosta nemendur sjálfir. Til að ljúka námskeiðinu þurfa nemendur að mæta í allar ferðirnar.

Námskeiðið er unnið í samvinnu við Umhverfisstofnun. Lokapróf í námskeiðinu, ásamt BS prófi í jarðfræði, líffræði, landfræði eða ferðamálafræði, veitir starfsréttindi Umhverfisstofnunar sem landvörður.

Námskeiðið fjallar um sníkjudýr dýra og samskipti hýsils og sníkjudýra í vistfræðilegu samhengi. Í fyrri hluta námskeiðsins (vikum 1 til 6) verða nemendur kynntir helstu hópar sníkjudýra með áherslu á: (1) form og virkni; (2) þróun; (3) almenna lífsferla; (4) líffræðileguan fjölbreytileika; (5) og þróunarfræðileg tengsl og flokkunarfræði. Í seinni hluta námskeiðsins (vikum 7 til 14) verður sjónum beint að vistfræði og þróun víxlverkana hýsils og sníkjudýra, áhrifum sníkjudýra á hýsila sína og vistkerfi, og hvernig sníkjudýr aðlagast breyttu umhverfi.

Fyrirlestrar (4 x 40 mínútur á viku) verða úr efni kennslubókar og viðbótarheimildum og til viðbótar þeim vera umræðufundir (2 x 40 mínútur) þar sem farið verður í viðbótarefni úr kennslubókum og vísindagreinum.  Í hverri viku munu nemendur lesa 5 vísindagreinar og mun einn úr  hópnum kynna efni hverrar þeirra í stuttu máli (á 3-5 mínútum). Að því loknu verður efni greinarinnar rætt í u.þ.b. 10-15 mínútur.

Í verklegum hluta námskeiðsins verður sjónum beint að aðferðum í sníkjudýrafræði. Í vettvangsferð (helgarferð) munu nemendur safna sníkjudýrum og æfa mismunandi aðferðir eins og slím-, blóð- og saurstrok og litun sýna með aðstoð kennslumyndbanda. Í lok námskeiðs mun hver nemandi mun skila eigin smásjárglerjum og greiningum á sníkjudýrum í þeim og verður námsmat í lok annar að hluta til byggt á þeim.

Nemendum verða kynntar mikilvægar fræðigreinar í sníkjudýrafræði með ritgerðar- og málstofuverkefnum um valin efni sem bæta við það sem fjallað er um í fyrirlestrum. Mástofan og ritgerðarvinnan mun miða að því að efla gagnrýna hugsun og skilning á heildarsamhengi viðfangefnanna.

Í námskeiðinu verður fjallað um uppbyggingu og virkni sjávar- og vatnavistkerfa. Auk þess verður áhersla á haffræði, eðlis- og efnafræði sjávar og vatna, einkenni búsvæða og lífríkis á norðlægum breiddargráðum, næringarefnaferla, fæðukeðjur, líffræðilega fjölbreytni, samfélagsvistfræði og búsvæðanýtingu. Farið verður yfir nýtingu stofna í sjó og ferskvatni hérlendis. Feltferðir, verkefni og dæmatímar kynna nemendur fyrir vistkerfum sjávar, ferskvatns og fjörunnar. Verkefnin eru byggð upp með rannsóknaráherslum, út frá vísindalegum tilgátum, beitingu aðferða við öflun gagna og úrvinnslu. Nemendur rita einnig ritgerð um tiltekið efni innan fagsins og halda erindi um það fyrir kennara og samnemendur.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Kennt á móti LÍF 606M og ráða skráningar hvort námskeiðið er kennt. Íslenska háplöntuflóran; samsetning, fjölbreytni, staða í flóruríki jarðar. Heimskautaflóran: uppruni, kerfisfræði, vistfræði. Líflandafræði flórunnar við Norður Atlantshaf. Ísöld á norðurhveli, ísaldarlok á Íslandi og í Evrópu og gróðursaga á nútíma. Tilgátur um aldur og uppruna íslensku flórunnar og heimskautaflóru á norðurhveli. Íslenskur jarðvegur; myndun, sérkenni, eyðimerkurmyndun. Gróðurbreytingar eftir landnám. Flóra Íslands og útbreiðsla um landið, búsvæði og líffræðileg fjölbreytni. Válistategundir. Aðferðir til að lýsa og flokka gróður. Íslensk gróðurlendi: flokkun, útbreiðsla, umhverfi og nýting. Verkleg kennsla fer að hluta til fram að sumari til: 4 daga sumarnámskeið.

Skipulag er í höndum umsjónarkennara og stúdenta. Námsferð til útlanda í 2 vikur til að kynnast náttúrufari og lífríki hitabeltisregnskóga, leiruskóga og kóralrifja. Innan misseris eru 20 fyrirlestrar tengdir ferðinni. Heimsóknir í vísindastofnanir. Nemendur fá verkefni til úrlausnar í ferðinni og skila skýrslum. Skylt er að skila skýrslu en hvorki er haldið próf né gefin einkunn.

Fyrirlestrar: Flokkun, bygging og starfsemi fugla. Fæða, varphættir, far, útbreiðsla, fuglafána Íslands. Stofnvistfræði fugla. Nýting og vernd. Æfingar: Kynning á helstu ættum, ákvörðun tegunda. Aðferðir við rannsóknir á líkamsástandi og fæðu. Skoðunarferðir um Suðvesturland til kynningar á tegundum og umhverfi. Ferðirnar eru á kennslumisseri og eftir próftíma í maí. Kynning á aðferðum: Útbreiðsla og búsvæði, talningar, varphættir, atferli, merkingar.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu mengandi efni, gerð þeirra, umfang og dreifingu, og sérstök áhersla verður á áhrif þeirra á lífverur. Í fyrsta hluta námskeiðsins verður fjallað um helstu efnaflokka (þungmálma, þrávirk efnasambönd, PAH efni, TBT og geislavirk efni), eiginleika efnanna (vatnsleysanleika, fitubindingu, o.fl.), útbreiðslu á norðurslóðum og dreifingu. Rætt verður um leiðir mengandi efna inn í lífverur og fjallað um uppsöfnun og mögnun í lífverum. Annar hluti námskeiðsins fjallar um áhrif mengandi efna á samfélög, tegundir, stofna og einstaklinga. Rætt verður um áhrif á fjölbreytileika og útbreiðslu tegunda. Fjallað verður um lífeðlisfræðileg áhrif mengunar (t.d. áhrif á öndun og vaxtarrými), lífefnafræðileg áhrif (t.d. hvötun cytochrome P450, hvötun á metallothionein próteinum, myndun á vitellogenin, áhrif á stöðugleika leysikorna), auk áhrifa á vefgerð, æxlamyndun, vansköpun og áhrif á erfðaefni (DNA viðbætur). Í þriðja hluta námskeiðsins verður fjallað um mengun á og við Ísland. Verklegar æfingar samanstanda af þremur til fjórum stórum sjálfstæðum verkefnum, sem gilda 20% af einkunn og verða unnin í striklotu.

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Erfðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjáningar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.

Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.

Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.

Fjallað verður um eftirfarandi efni:

Fæðuvefir og samfélög landvistkerfa bæði ofanjarðar og neðan. Hlutverk lífvera og annarra þátta við mótun búsvæða á landi. Samband líffræðilegrar fjölbreytni og vistkerfisferla, m.a. frumframleiðslu og hringrás næringarefna. Áhrif einstakra lífveruhópa og eiginleika þeirra, einkum plantna og grasbíta, á vistkerfisferla, stöðugleika og þanþol vistkerfa. Áhrif loftslagsbreytinga og landnýtingar á vistkerfi, með áherslu á norðurslóðir. Sérstaða íslenskara vistkerfa. Endurheimt hruninna og hnignaðra vistkerfa. Helstu aðferðir við rannsóknir á landvistkerfum.

• Séreinkenni spendýra
• Megináhersla er lögð á íslensk og önnur norræn spendýr
• Aðlögun og sérhæfing
• Orkubúskapur
• Samkeppni
• Heimasvæði og óðul
• Stofnstærð og stofnsveiflur
• Aðferðir við stofnstærðarmat: a) Talningar, b) Merkingar og endurheimtur, c) Aldursgreiningar og veiði

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

4 ECTS 8-day summer school course -Ecology and Evolution of Aquatic Parasite

Do you want to learn how to use AI to analyse images and increase automation in biological monitoring? Join us on this course to learn about Analysing image data harnessing AI – A case studies of seabirds, penguins and seals monitoring.

How far can this take you with your own research? The world is changing and monitoring techniques are too - both with emerging technologies and new strategies such as citizen science. At the same time, artificial intelligence (AI) is resulting in our ability to analyse large data sets in ways we were not able to before. To harness this new capability, it needs to be more widely understood and incorporated into data collection.

Seabirds and seals are both important components of the marine ecosystem in their own rights but also both act as important indicators as to the health of marine systems (or a sentinel species). We seek to monitor them as they are of direct interest (e.g., threatened species, disease vectors), and as they are an easily measured indicator for the health of a broader ecosystem (e.g., cliff nesting seabirds like kittiwakes or guillemots).

This summer school will show you how to harness the power of AI, citizen science and new monitoring techniques including drones and camera traps as well as how to best analyse those datasets. The whole point is to go beyond what you would be comfortable with in either analysis or scale. It will be a challenging and rewarding time!

About the course

We have arranged an 8-day summer school course for 4 ECTS (credits) in Reykjavík, Iceland. Dates for this course are May 18^th to 29^th, 2026. Led by visiting scientists Dr Tom Hart (Oxford Brookes University), Dr Maria Christodoulou (University of Oxford) and Dr Liliana Schoenberger (Royal Haskoning DHV), in collaboration with the University of Iceland, this course will feature lectures, tutorials using case studies on seabirds and seals, engaging discussions on the state of AI in biology research, as well as hands-on field work to acquire the data to analyse during the course.

Almenn og sérhæfð atriði um efnatengi og sameindabyggingu. Efnahvörf. Lofttegundir, vökvar, föst efni og lausnir. Varma- og hraðafræði efnahvarfa. Efnajafnvægi: sýru-basa, fellingar-, komplex- og afoxunar. Rafefnafræði og kjarnefnafræði.

Mólrúmmál loftkenndra efna, Efnafræðileg varmafræði, Vermi hvarfa og lögmál Hess, Hraði efnahvarfa, niðurbrot vetnisperoxíðs, Le Chatelier, ákvörðun jafnvægisfasta með ljósgleypnimælingum, ákvörðun jónunarfasta sýru.

Skyldumæting er í öryggisfyrirlestur í fyrstu kennsluvikunni.

Námskeiðið taka nemendur í líffræði samhliða bóklega námskeiðinu Almenn efnafræði L.

Plöntur sem lífverur. Bygging og starfsemi plöntufrumna. Ljóstillífun. Innri og ytri bygging plantna, vöxtur og æxlun. Ættliðaskipti, þróun, lífsferlar og einkenni helstu hópa plantna. Fjallað verður um mosa og útdauðar og núlifandi æðplöntur en mest áhersla lögð á blómplöntur. Þróun og gerð fræja, blóma og aldina. Helstu lífbelti jarðar. Gróður á Íslandi.

Verklegar æfingar: Dæmi skoðuð af ytri og innri byggingu plantna úr helstu hópum. Frumu- og vefjagerðir, fræ, blóm og aldin. Áhrif umhverfis á ytri og innri gerð plantna.

Próf: Verklegt (20%) og skriflegt próf (80% heildareinkunnar). Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Fyrirlestrar: Lögmál Mendels. Erfðamynstur. Kynlitningar, mannerfðafræði, umfrymiserfðir. Litningar, bygging litninga. Frumuskipting (mítósa og meiósa), lífsferlarTengsl, endurröðun og kortlagning gena í heilkjörnungum. Bakteríuerfðafræði. Kortlagning gena í heilkjörnungum, fernugreining. Arfgerð og svipgerð. Litningabreytingar. Erfðaefnið DNA. Eftirmyndun. Umritun. Próteinmyndun. Stjórn genastarfs. Erfðatækni. Erfðamengjafræði. Stökklar. Stökkbreytingar. Viðgerðir og endurröðun. Greiningartækni erfðavísinda. Tilraunalífverur.

Verklegar æfingar: I. Ávaxtaflugan Drosophila melanogaster. II. Mítósa í laukfrumum. III. Plasmíð og skerðiensím. IV.DNA mögnun. V. Grósekkir Sordaria fimicola.

Próf: Verklegt og dæmatímar 25%, skriflegt 75%. Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Í námskeiðinu er fjallað um undirstöðuatriði stærðfræðigreiningarinnar auk fylkjareiknings. Meginviðfansefni eru fallahugtakið, helstu föll stærðfræðigreiningarinnar (lograr, veldisvísisföll, hornaföll), markgildi, samfelldni, deildanleg föll, reglur um afleiður, afleiður af hærra stigi, stofnföll, notkun deildareiknings (svo sem  útgildisverkefni og línuleg nálgun), meðalgildissetningin, heildun, ákveðin heildi og reiknireglur fyrir þau, undirstöðusetning stærðfræðigreiningarinnar, heildunartækni, óeiginleg heildi, afleiðujöfnur, vigrar og fylkjareikningur.

Námskeið fyrir nemendur í líffræði. Í fyrirlestrum, sem eru sameiginlegir með námskeiðinu Efnafræði II (EFN205G), verður höfð hliðsjón af viðfangsefnum líffræðinnar. Farið verður yfir flesta flokka lífrænnar efnafræði, þ. e. alkana, alkena, alkýna, arómata, alkýl halíð, alkóhól, etera, aldehýð, ketóna, lífrænar sýrur, sýruafleiður og amín. Farið verður yfir grundvallaratriði í rúmefnafræði sameinda nemendur læra að finna út hvenær sameind er hendin og hvenær hún er ljósvirk.

Mörg þeirra efna sem við notum í okkar daglega lífi (plast, lyf, lím o.fl.) eru framleidd fyrir tilstilli lífrænnar efnafræði. Lyfjaiðnaðurinn er gott dæmi þar sem nauðsynlegt er að geta smíðað rétt efni, einangrað/hreinsað þau og borið kennsl á hvort rétt efni hafi verið smíðað.

Í þessu námskeiði munu nemendur fá þjálfun í grunnaðferðunum sem notaðar eru í verklegri lífrænni efnafræði og nýtist í efnaiðnaði. Einnig munu nemendur öðlast þjálfun í greiningu á niðurstöðum og skrifum á vísindalegum skýrslum.

Í námskeiðinu kynnast nemendur þeim hluta lífheimsins sem er almennt ekki sjáanlegur með berum augum.  Þeir fá tækifæri til að öðlast grundvallar þekkingu á eiginleikum baktería, arkea, veira og heilkjarna örvera.  Í námskeiðinu verður m.a. annars fjallað um hvernig örverur eru undirstaða lífs á jörðinni, hlutverk þeirra í vistkerfum, hvernig sumar þeirra valda sjúkdómum eða eru mikilvægar í rannsóknum og iðnaði.  Nemendur fá innsýn í störf örverufræðinga og verklega þjálfun sem er nauðsynleg fyrir hvers kyns störf á rannsóknarstofum

 Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi dýra. Fjallað verður um grundvallaratriði í flokkunarfræði, þróun og tengsl fylkinga. Gefið verður yfirlit yfir líkamsbyggingu og starfsemi, þroskun, lífsferla og lifnaðarhætti helstu fylkinga hryggleysingja. Fjallað verður ítarlega um frumdýr, svampa, holdýr, flatorma, þráðorma, lindýr, liðorma, liðdýr og skrápdýr, auk þess sem fleiri fylkingar verða kynntar.

Æfingar: Skoðun og krufning tegunda úr helstu flokkum hryggleysingja. Skyldumæting í alla verklega tíma.

Í byrjun námskeiðsins eru grunnhugtök tölfræðinnar kynnt til sögunnar, svo sem þýði, úrtak og breyta. Nemendur kynnast hinum ýmsu lýsistærðum og myndrænni framsetningu gagna. Því næst verður farið í grundvallaratriði líkindafræðinnar og helstu líkindadreifingar kynntar.

Síðasti hluti námskeiðsins snýr að ályktunartölfræði þar sem skoðuð verða tilgátupróf og öryggisbil fyrir meðaltöl, dreifni og hlutföll og farið verður í fervikagreiningu og aðhvarfsgreiningu. Nemendur læra beitingu allra ofangreindra aðferða í tölfræðihugbúnaðinum R.

Fjallað verður ítarlega um grundvallaratriði fyrri hluta almennrar lífefnafræði, einkum eiginleika og myndbyggingu stórsameinda.

Efni fyrirlestra: Viðfangsefni lífefnafræðinnar; millisameindahrif lífefna í vatnslausnum; amínósýrur, peptíðtengi og myndbygging próteina; svipmótun próteina og stöðugleiki; sykrur og fjölsykrur; fitur og frumuhimnur; himnuprótein; ensím og hraðafræðilegir eiginleikar ensíma og stjórn ensímvirkni; ensímhvötun og hvarfgangar ensíma; boðflutningar og helstu ferli; himnuviðtakar; samsetning kjarnsýra og myndbygging; DNA stöðugleiki. Gefin er hluteinkunn fyrir miðannarpróf sem hefur vægið 15% af heildrareinkunn.

Vinnulag
Fyrirlestrar tvisvar í viku; 2 x 40 mín.  Miðannarpróf gildir 15% af lokaeinkunn.  Ekkert verklegt.  Haldnir eru 2x 40 mín. dæmartímar vikulega.

Námsmat
Lokapróf (3 klst): 85 %
Miðannarpróf: 15 %

Kennslubók
Nelson D.L. & Cox M.M. Lehninger: Principles of Biochemistry, 8th Edition, 2021

Aukaefni:
Fyrirlestrarglærur (PowerPoint).
Ítarefni svo sem þurfa þykir.

Fyrirlestrar: Inngangur. Þróun. Atferli. Söguleg og vistfræðileg líflandafræði. Stofnar: Dreifing einstaklinga, fæðingartölur, dánartölur, aldursdreifing, líftöflur, vöxtur stofna, stjórnun stofnstærðar, stofnsveiflur, far. Samspil tegunda: Samkeppni, afrán, aðrar samskiptagerðir. Nýting stofna. Stjórnun skaðlegra stofna. Samfélög: Lýsing, tegundasamsetning, tegundafjölbreytni, fæðuvefir, stöðugleiki, framvinda. Vistkerfi: Hringrás efna, orkurás, framleiðni, næringarkeðjur, neysluþrep, vistfræðileg nýtni. Vistfræði þurrlendis, sjávar og fersks vatns; kynning á íslenskum vistkerfum.

Verklegar æfingar: Æfingar fara fram á rannsóknarstofu og úti við, eftir því sem aðstæður leyfa. Lögð er áhersla á beitingu vísindalegrar aðferðar í vistfræði, breytileika og meðferð gagna. Gerðar eru m.a. athuganir á stofnvexti bifdýrastofna, athuganir á gróðri og dýralífi þurrlendis, á beltaskiptingu í fjöru og á straumvatni.  Mætingarskylda: í allar verklegar æfingar. 

Námsmat: Verklegar æfingar og málstofur vega 50% af lokaeinkunn, þar af ein viðameiri skýrsla sem kynna á munnlega. Tíu skriflegar æfingar gilda 50%. Lágmarkseinkunnar er krafist úr öllum námshlutum.

Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi hryggdýra. Fjallað verður um uppruna seildýra og hryggdýra. Gefið verður yfirlit yfir fósturfræði hryggdýra og helstu líffærakerfi þeirra. Rakin er þróunarsaga og uppruni helstu flokka seildýra og hryggdýra. Jafnframt er greint frá helstu aðlögunum þeirra að því umhverfi sem þau lifa í.

Æfingar: Krufning og skoðun mismunandi hryggdýra.

Kynntar verða helstu aðferðir við einangrun og greiningu á próteinum og eiginleikum þeirra. Áhersla verður lögð á hvötunareiginleika ensíma og mælingar á ensímvirkni. Farið verður í helstu kenningar um ensímvirkni, svo sem Michaelis-Menten jöfnu og nemendur bera saman gögn sín við kenningar. Nemendur munu vinna við einfaldar mælingar á próteinum og ensímhvörfum ásamt því að vinna úr mælingum og nýta hugbúnað í próteinfræðum.

Frumulíffræðin eru fyrirlestrar (4f á viku í 14 vikur): Inngangur að frumulíffræði, bygging og þróun heilkjörnunga. Megináherslan er á heilkjörnunga. Efnafræði fruma og orkubúskapur, gerð og eiginleikar stórsameinda. Bygging og hlutverk frumuhluta sem dæmi frumuhimnu, kjarna, hvatbera, grænukorna, frumugrindar, golgíkerfis, leysikorna og oxunarkorna. Stjórnkerfi og boðleiðir innan frumu og samskipti milli fruma ásamt frumusérhæfingu og krabbameinum. Utanfrumuefni er fjallað ítarlega um og grunnatriði ónæmisfræði.

Vefjafræði er stutt námskeið sem kennt er í tengslum við námskeið í frumulíffræði. Námskeiðið er byggt upp sem verklegt námskeið með stoðfyrirlestrum og standa fyrirlestrar og verklegar æfingar yfir í 5-6 vikur. Verklegar æfingar byggja fyrst og fremst á skoðun vefjasýna undir ljóssmásjá. Mætingarskylda er í verklega tíma. Lokapróf er haldið tveimur vikum eftir síðasta fyrirlestur og byggir það á sýningu smásjármynda/smásjársneiða og svörum við spurningum tengdum þeim vefjum sem til sýnis eru hverju sinni.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu vefjaflokka og uppbyggingu helstu vefja innan hvers flokks fyrir sig, ásamt því að gera nemendur sjálfstæða í notkun smásjár við skoðun vefjasýna. Í fyrirlestrum er fjallað um eiginleika einstakra vefja, einkenni og starfssemi ólíkra frumugerða og eiginleika millifrumuefnis í vefjasértæku samhengi. Einnig er fjallað sérstaklega um undirbúning sýna.

Þroskunarfræði er fag sem tengir mörg helsu fagsvið líf- og læknavísindanna og hafa margar af mikilvægustu uppgötvunum um hlutverk og virkni sameinda og frumulíffræðilegra ferla komið úr þroskunarfræðilegum rannsóknum. Markmið námskeiðsins er að nemendur að öðlist góða yfirsýn yfir helstu viðfangsefni á fagsviði þroskunarfræði og þekkingu á grundvallaratriðum í þroskun ólíkra hópa hryggdýra og hryggleysingja, allt frá lífverunni í heild yfir í hlutverk sameinda í stjórn þroskunarferla.

Helstu viðfangsefni bóklegra tíma: Hlutverk þroskaferla. Saga þroskunarfræðinnar og aðferðafræði. Þroskaferlar hjá einfrumungum. Tímgun og erfðablöndun. Helstu þroskunarmynstur fjölfruma dýra. Mörkun og ákvörðun frumuþroskunarferla. Erfðatæknilegar aðferðir í þroskunarfræði. Stjórn genatjáningar, - þroskunargen. Mikilvægi samskipta milli fósturfrumna. Bygging kynfrumna, frjóvgun og virkjun eggs. Fyrstu stig fósturþroskunar hjá völdum hryggleysingjum. Mörkun fósturöxla og líkamshluta hjá ávaxtaflugunni með stigskiptri stýringu gena. Fyrstu stig fósturþroskunar og mörkun fósturöxla hjá froskdýrum, fuglum og spendýrum. Afleiður fósturlaga og myndun líffæra hjá hryggdýrum. Þroskun tauga- og æðakerfis. Myndun útlima ferfætlinga. Kynákvörðun, kynþroski og myndun kynfrumna meðal hryggleysingja og hryggdýra. Þroskaferlar plantna. Þróun stýrikerfa þroskunar. Hagnýt þroskunarfræði.

Í verklegum æfingum er markmið námskeiðsins að nemendur öðlist þjálfun og færni í vinnu með smásæjan efnivið og smásjárgreiningu fóstra og styrki þekkingu sína á helstu þroskunarviðburðum og fósturhlutum ólíkra hópa. Jafnframt er lögð áhersla á að nemendur kynnist og fái æfingu í notkun gagnagrunna á sviði þroskunarerfðafræði og erfðafræði.

Æfingar: Notkun gagnagrunna og erfðamengisvafra; fósturþroskun og myndbreyting ávaxtaflugu; þroskun sebrafiska; þroskun hænufóstra.

Nemendaverkefni: Nemendur halda tvær kynningar og undirbúa kynningarefni um viðfangsefni sem tengist námskeiðinu. Hvor þeirra gildir 10% af heildareinkunn og er lágmarkseinkunnar (5,0) er krafist fyrir báðar kynningar.

Þróunarfræði: Darwin og þróun þróunarkenningarinnar.  Tré lífsins. Náttúrulegt val og aðlögun. Vélvirki þróunarinnar: Erfðabreytileiki sem hráefni þróunar og tilurð hans. Erfðafræði náttúrlegs val.   Þróun svipfarseiginleika. Hending í þróun og aðgreining stofna.Tegundir og tegundamyndun. Afleiðingar þróunar: Kynæxlun, Þróun lífsöguþátta. Barátta og samvinna. Samþróun meðal tegunda. Þróun gena og erfðamengja. Þróun og þroskun. Stórþróun og saga lífsins: Flokkun og þróunarsaga. Þróun og jarðsaga.  Landafræði þróunar. Þróun fjölbreytileika lífvera. Þróun fyrir ofan stig tegunda. Þróun manns og samfélag manns.

Fyrirlestrar: Innra umhverfi, himnuspenna, taugafruman, taugakerfi, hormónakerfi, skynjun, vöðvar, blóðrás, öndun, útskilnaður, vatnsbúskapur, melting, orkubúskapur, efnaskipti, æxlun. 

Verklegar æfingar: 1) Himnuspenna og boðefni. 2) Taug/beinagrindarvöðvi. 3) Viðbrögð líkamans við áreynslu.
Önnur verkefni: Áfangapróf verða lögð fyrir á misserinu og verkefni, eins og nánar er tilgreint í kennsluáætlun í upphafi námskeiðs.

Helstu lykiltegundir lífvera í vistkerfum Íslands. Kynntar verða aðferðir við rannsóknir í vettvangsrannsóknum í vistfræði. Lögð er áhersla á færni í þekkja helstu tegundir í flóru og fánu landsins, auk greiningu gagna og samanburð við fræðilega þekkingu um vistfræði búsvæða.  

Vettvangsferðir byrja fyrir formlegt upphaf haustmisseris. Kennsla getur bæði farið fram á virkum dögum sem og um helgar. 

Allir nemendur verða að mæta í námsferð og skila dagbók til að geta lokið námskeiðinu.

Plöntulífeðlisfræði fjallar um hvernig svipgerðir plantna verða til fyrir samspil umhverfis, þroskaástands, stjórnun erfðamengis, próteina og umbrotsefna, frumna og vefja, vistfræðilegs hlutverks og þróunarsögu. Námskeiðið samþættir fyrirlestra og umræður við vísindarit, vettvangsathuganir, tilraunir á rannsóknastofu, rannsóknir á lifandi plöntum og lífupplýsingafræði. Nemendur fylgjast með villigerðar- og stökkbreyttum Arabidopsis-plöntum í gegnum þroska, rannsaka Pinguicula og Honckenya á vettvangi á Íslandi og kanna sérhæfða starfsemi plantna með kjötætum plöntum á borð við Dionaea og Nepenthes. Viðfangsefni í erfðamengisfræði eru meðal annars bygging og skýring erfðamengja, genafjölskyldur, stjórnunarnet, fjöllitnun, færanlegir erfðaþættir, samraðaðar erfðamengissvæði, genatvöföldun og brottfall tvítekinna gena. Verkleg vinna felur í sér ræktun plantna, samanburðarlíffærafræði, lífeðlisfræðilegar og lífefnafræðilegar mælingar, svipgerðargreiningu á þroska og lífupplýsingafræðilega greiningu erfðamengja. Í öllu námskeiðinu er lögð áhersla á megindlegar athuganir, viðeigandi viðmið, tilraunahönnun, orsakahugsun, óvissu og að greina skýrt á milli beinna gagna og túlkunar við uppbyggingu samþættra skýringa frá erfðamengi til svipgerðar.

Meginmarkmið þessa námskeiðs er að kynna fyrir nemendum aðferðafræði á vettvangi, greiningu, náttúrusögu, kerfisfræði, þróun og vistfræði skordýra og áttfætlna, dýr sem saman mynda langfjölbreyttasta hóp lífvera á jörð. Áhersla verður á kerfisfræði í sinni víðustu merkingu, ræðum líffræðilegan fjölbreytileika, víddir hans og mælingar,  og hvernig við lærum um tengsl lífvera og uppgötvum nýar tegundir (skyldleikagreining og flokkunarfræði).  Á námskeiðinu er allir helstu hópar skordýra og áttfætlna (aðallega köngulær) kynntir. 

Nemendafyrirlestrar: Hver nemandi flytur fyrirlestur um nýjungar í skordýrafræði.

Æfingar: Lögð er áhersla á vettvangsferðir í byrjun annar, þarsem nemendur safna skordýrum og áttfætlum út í náttúrunni með ýmsum aðferðum. Þegar hægir á dýralífinu með haustinu færist verkleg kennsla inná rannsóknarstofuna. Þar munu nemendur eingöngu vinna með eignin dýr, og læra að greina þau og búa um þau eins og gert væri á náttúrugripasafni. Lokaverkefni í verklegu eru skil á skordýra- og áttfætlusafni hvers og eins nemenda. Verklegt próf verður í greiningu dýra.

Próf samtals 60% af einkunn, nemendafyrirlestrar 10%, verklegt próf 10% og skordýrasafn 20% af heildareinkunn.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Landnýting. Ólífrænar auðlindir, nýting og umhverfisáhrif. Sjálfbær þróun. Líffræðileg fjölbreytni í tíma og rúmi. Eyðing búsvæða, útdauði og válistar. Ágengar tegundir. Jarðvegur og eyðimerkurmyndun. Verndun landslags og víðerna. Siðfræði og saga náttúruverndar, íslensk náttúruverndarlöggjöf. Hagnýting vistfræðilegrar þekkingar til að leysa umhverfisvandamál, vistheimt, mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, rammaáætlun um vernd og nýtingu náttúrusvæða. Hnattrænar loftslagsbreytingar. Ein dagsferð á laugardegi í september. Nemendafyrirlestrar.

Námskeiðið skiptist í fyrirlestra, verklegar æfingar, umræður og nemendaverkefni.

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Helstu tilraunalífverur og erfðatæknilegar aðferðir við notkun þeirra kynnt. 
Námsefni er lagt fram af kennurum. 

Verklegar æfingar: Í námskeiðinu er höfuðáhersla á þjálfun í verklegum vinnubrögðum á rannsóknastofum í sameindalíffræði og virkri notkun vinnubókar.

Umræðutímar tengjast fyrirlestrum, verklegum æfingum og nemendaverkefnum.

Helstu efnisatriði námskeiðs:  Vinnubækur og vinnuseðlar, rafræn tól. Grunnatriði DNA vinnu og DNA klónunar. Plasmíð og plasmíðkort, vinna með DNA raðir. Grunnatriði vinnu með E. coli og plasmíð. Grunnatriði frumuræktunar og genaleiðslu í frumur. Tilraunalífverurnar E.coli, S. cerevisiae, A. thaliana, D. rerio, C. elegans, D. melanogaster og M. musculus. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og fjölfrumungu. CRISPR tækni og hönnun gRNA. RNAi og fleiri aðferðir til genabælingar og skilyrtrar genatjáningar. Flúrprótein og önnur próteinmerki og vísigen. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun, PCR, qPCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Sértæk greining próteina með mótefnum. Framleiðsla og notkun mótefna - western blettun, ónæmislitun fruma og vefja. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum.

Nemendaverkefni: Fjallað um nýlega aðferð eða aðferðahóp. Fyrirkomulag breytilegt frá ári til árs en miðar að því að þjálfa nemendur í heimildavinnu og miðlun vísindalegs efnis á fjölbreyttan hátt. Dæmi um framsetningu: Veggspjöld, ritgerðir, fyrirlestrar, myndbönd, vefsíður, hlaðvörp.

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Megináhersla námskeiðs er á einkenni lífverusamfélaga ferskvatnsvistkerfa og ólíkar gerðir þeirra. Fjallað verður um þætti sem móta samfélögin, með áherslu á efnafræðilega, eðlisfræðilega, vistfræðilega og þróunarfræðilega ferla. Kynnt verður efna- og eðlisfræði ferskvatns og tengsl þeirra við eiginleika vistkerfi vatna og áa, orkuflæði og næringarefnahringrásir. Helstu gerðir ferskvatnsvistkerfa verða ræddar, einkenni, flokkun og virkni. Áhersla verður á lífverur, stofna, samfélög og fæðuvefi í ferskvötnum sem og aðlögun lífvera að vatnalífi. Sérstaklega verður fjallað um íslensk ferskvatnsvistkerfi en erlend dæmi verða einnig krufin. Fjallað verður um umhverfisógnir sem steðja að ferskvatni; nýtingu, umgengni og verndun ferskvatnvistkerfa, sérstaklega vegna áhrifa mannsins. Þar með talið veiðar, ræktun og fiskeldi, og röskun ferskvatnskerfa vegna vatnsaflsvirkjana, mengunar og loftslagsbreytinga. Farin verður í feltferðir í ár, vötn og lindir, og þau könnuð m.a. með tilliti til rennslishátta, dýpis, lífríkis og mögulegra álagsþátta. Tekin verða sýni til skoðunar í rannsóknastofu og einfaldar mælingar gerðar.

Nemandi getur að fengnu samþykki námsbrautar fengið 2 e fyrir fyrirlestur eða veggspjald, sem hann er fyrsti höfundur að, og er framlag hans á vísindalegri ráðstefnu sem hann sækir.

Eingöngu er hægt að fá metið veggpjald eða fyrirlestur einu sinni á námsferli í BS og MS námi.

Fyrri hluti námskeiðsins byggir að stærstum hluta á fyrirlestrum nemenda. Nemendur munu velja viðfangsefni í fyrsta tíma námskeiðsins, lesa vísindagreinar því tengdu (sem kennari útdeilir) og flytja um það fyrirlestur. Áhersla verður lögð á sameindalíffræði veira og veirusýkinga. Nemendur skrifa að auki stutta samantekt um efni fyrirlestrar.

Í seinni hluta námskeiðsins, lotum 2-4, tekur við kennsla um ólíka sýklahópa. Fjallað verður um sveppi og sníkjudýr, bakteríusýkla og bakteríusjúkdóma, veirur og veirusjúkdóma. Fyrir hvern sýklahóp verður farið yfir helstu sjúkdómsvalda er sýkja menn, náttúruleg heimkynni þeirra og smitleiðir. Einnig um smitsjúkdóma af þeirra völdum, einkenni, greiningu, meðferð og fyrirbyggjandi aðgerðir. Á námskeiðsvef og glærum kennara kemur fram nákvæm útlistun á því efni sem nemendur eiga að tileinka sér. Boðið verður upp á fjölmörg æfingapróf sem nemendur geta spreytt sig á og umræðufund í lok námskeiðsins Þessi yfirferð er sameiginleg með námskeiði fyrir nemendur í hjúkrunarfræði (LÍF110G).  

Tölulegar aðferðir eru nauðsynlegur hluti margra greina líffræðinnar og nýtast við högun tilrauna og athugana, samantekt niðurstaðna og greiningu þeirra.

Nemendur læra þessar aðferðir og meðhöndla fjölbreytt gögn úr líffræði, auk þess að fá þjálfun í að túlka niðurstöður mismunandi aðferða.

Helstu aðferðir eru sennileikamat, línuleg líkön, aðhvarf og fervikagreining og alhæfð línuleg líkön til að greina talningar. Fjölbreytugreining. Endursýnataka (skóþvengur og umröðunarpróf). Kennt verður að nota tölfræðiforritið R til að framkvæma þær aðferðir sem fjallað er í fyrirlestrum. Nemendur leysa verkefni sem byggja á líffræðilegum rannsóknum og fá ítarlega þjálfun í notkun R.

Námsmat: Verkefni 30% og skriflegt próf 70%.Nemandi þarf að ná lágmarkseinkunn í báðum prófþáttum.

Ónæmiskerfið, líffæri og frumur. Ósérhæfðar varnir, átfrumur, kompliment, bólgusvör. Sérhæfðar varnir, þroskun og sérhæfing eitilfruma. Sértækni og greining eitilfrumna, starfsemi B- og T-frumna. Ónæmissvör, ónæmisminni, slímhúðarónæmi. Sjálfsþol og stjórnun ónæmissvara. Ónæmisbilanir, ofnæmi, sjálfsofnæmi og líffæraflutningar. Meðferð sjálfsofnæmis- og ofnæmissjúkdóma. Bólusetningar og varnir gegn smitsjúkdómum. Ónæmisfræðilegar greiningaraðferðir. Nemendafyrirlestrar um valdar vísindagreinar og umræður undir leiðsögn kennara.

Skyldunámskeið fyrir næringarfræðinema.

Lesnámskeið á framhaldsstigi um líflandafræði.

Innihald: Námskeiðið fjallar um landfræðilega dreifingu lífvera í tíma og rúmi, en því tengist fjölda annarra fræðigreina. Markmið námskeiðsins er að gefa nemendum innsýn í sögu tilgátna og hugmynda sem mótað hafa nútíma rannsóknir í líflandafræði. Í framhaldi af því verður farið í meginrannsóknir sem eru nú í gangi, með því að greina sérstakar undirgreinar líflandafræðinnar og tilgátur sem drífa áfram núverandi rannsóknir. Grunnskilningur á mynstrum í dreifingu lífvera og hvernig þau hafa mótast, viðhaldist eða breyst, er sérstaklega milkilvægur í dag í ljósi loftslagsbreytinga sem munu halda áfram að móta dreifingu lífvera.

Kennslufyrirkomulag og aðferðir: Kennari og nemendur leiða umræður um bókakafla
og vísindagreinar valdar af kennara.

Námsmat: Þátttaka og mæting 50%, stj́órn umræðu 50%

Markmið námskeiðsins er að efla þekkingu nemenda á grundvallarþáttum náttúruverndar, og hlutverki stjórnunar og skipulags í náttúruvernd hér á landi með tilliti til ferðamennsku innan friðlýstra svæða. Áhersla verður lögð á samspil verndunar og ferðamennsku, með sérstakri áherslu á líffræðilega og jarðfræðilega fjölbreytni. Farið yfir helstu álitamál um landnýtingu og náttúruvernd, sem og helstu ákvæði friðlýsingar og náttúruverndarlaga. Jafnframt verður skipulag ferðamennsku innan friðlýstra svæða rædd ásamt öryggismálum ferðamannastaða í náttúru Íslands. Kennd verða grundvallaratriði umhverfistúlkunar og leiðsagnar um náttúrusvæði. Nemendur munu enn fremur fá hagnýta reynslu í umhverfistúlkun og landvörslu og þar með talið móttöku gesta og þjónustuhlutverk landvarða.

Farnar verða fjórar vettvangsferðir á námskeiðstímanum. Ferðir og uppihald kosta nemendur sjálfir. Til að ljúka námskeiðinu þurfa nemendur að mæta í allar ferðirnar.

Námskeiðið er unnið í samvinnu við Umhverfisstofnun. Lokapróf í námskeiðinu, ásamt BS prófi í jarðfræði, líffræði, landfræði eða ferðamálafræði, veitir starfsréttindi Umhverfisstofnunar sem landvörður.

Námskeiðið fjallar um sníkjudýr dýra og samskipti hýsils og sníkjudýra í vistfræðilegu samhengi. Í fyrri hluta námskeiðsins (vikum 1 til 6) verða nemendur kynntir helstu hópar sníkjudýra með áherslu á: (1) form og virkni; (2) þróun; (3) almenna lífsferla; (4) líffræðileguan fjölbreytileika; (5) og þróunarfræðileg tengsl og flokkunarfræði. Í seinni hluta námskeiðsins (vikum 7 til 14) verður sjónum beint að vistfræði og þróun víxlverkana hýsils og sníkjudýra, áhrifum sníkjudýra á hýsila sína og vistkerfi, og hvernig sníkjudýr aðlagast breyttu umhverfi.

Fyrirlestrar (4 x 40 mínútur á viku) verða úr efni kennslubókar og viðbótarheimildum og til viðbótar þeim vera umræðufundir (2 x 40 mínútur) þar sem farið verður í viðbótarefni úr kennslubókum og vísindagreinum.  Í hverri viku munu nemendur lesa 5 vísindagreinar og mun einn úr  hópnum kynna efni hverrar þeirra í stuttu máli (á 3-5 mínútum). Að því loknu verður efni greinarinnar rætt í u.þ.b. 10-15 mínútur.

Í verklegum hluta námskeiðsins verður sjónum beint að aðferðum í sníkjudýrafræði. Í vettvangsferð (helgarferð) munu nemendur safna sníkjudýrum og æfa mismunandi aðferðir eins og slím-, blóð- og saurstrok og litun sýna með aðstoð kennslumyndbanda. Í lok námskeiðs mun hver nemandi mun skila eigin smásjárglerjum og greiningum á sníkjudýrum í þeim og verður námsmat í lok annar að hluta til byggt á þeim.

Nemendum verða kynntar mikilvægar fræðigreinar í sníkjudýrafræði með ritgerðar- og málstofuverkefnum um valin efni sem bæta við það sem fjallað er um í fyrirlestrum. Mástofan og ritgerðarvinnan mun miða að því að efla gagnrýna hugsun og skilning á heildarsamhengi viðfangefnanna.

Í námskeiðinu verður fjallað um uppbyggingu og virkni sjávar- og vatnavistkerfa. Auk þess verður áhersla á haffræði, eðlis- og efnafræði sjávar og vatna, einkenni búsvæða og lífríkis á norðlægum breiddargráðum, næringarefnaferla, fæðukeðjur, líffræðilega fjölbreytni, samfélagsvistfræði og búsvæðanýtingu. Farið verður yfir nýtingu stofna í sjó og ferskvatni hérlendis. Feltferðir, verkefni og dæmatímar kynna nemendur fyrir vistkerfum sjávar, ferskvatns og fjörunnar. Verkefnin eru byggð upp með rannsóknaráherslum, út frá vísindalegum tilgátum, beitingu aðferða við öflun gagna og úrvinnslu. Nemendur rita einnig ritgerð um tiltekið efni innan fagsins og halda erindi um það fyrir kennara og samnemendur.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Kennt á móti LÍF 606M og ráða skráningar hvort námskeiðið er kennt. Íslenska háplöntuflóran; samsetning, fjölbreytni, staða í flóruríki jarðar. Heimskautaflóran: uppruni, kerfisfræði, vistfræði. Líflandafræði flórunnar við Norður Atlantshaf. Ísöld á norðurhveli, ísaldarlok á Íslandi og í Evrópu og gróðursaga á nútíma. Tilgátur um aldur og uppruna íslensku flórunnar og heimskautaflóru á norðurhveli. Íslenskur jarðvegur; myndun, sérkenni, eyðimerkurmyndun. Gróðurbreytingar eftir landnám. Flóra Íslands og útbreiðsla um landið, búsvæði og líffræðileg fjölbreytni. Válistategundir. Aðferðir til að lýsa og flokka gróður. Íslensk gróðurlendi: flokkun, útbreiðsla, umhverfi og nýting. Verkleg kennsla fer að hluta til fram að sumari til: 4 daga sumarnámskeið.

Skipulag er í höndum umsjónarkennara og stúdenta. Námsferð til útlanda í 2 vikur til að kynnast náttúrufari og lífríki hitabeltisregnskóga, leiruskóga og kóralrifja. Innan misseris eru 20 fyrirlestrar tengdir ferðinni. Heimsóknir í vísindastofnanir. Nemendur fá verkefni til úrlausnar í ferðinni og skila skýrslum. Skylt er að skila skýrslu en hvorki er haldið próf né gefin einkunn.

Fyrirlestrar: Flokkun, bygging og starfsemi fugla. Fæða, varphættir, far, útbreiðsla, fuglafána Íslands. Stofnvistfræði fugla. Nýting og vernd. Æfingar: Kynning á helstu ættum, ákvörðun tegunda. Aðferðir við rannsóknir á líkamsástandi og fæðu. Skoðunarferðir um Suðvesturland til kynningar á tegundum og umhverfi. Ferðirnar eru á kennslumisseri og eftir próftíma í maí. Kynning á aðferðum: Útbreiðsla og búsvæði, talningar, varphættir, atferli, merkingar.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu mengandi efni, gerð þeirra, umfang og dreifingu, og sérstök áhersla verður á áhrif þeirra á lífverur. Í fyrsta hluta námskeiðsins verður fjallað um helstu efnaflokka (þungmálma, þrávirk efnasambönd, PAH efni, TBT og geislavirk efni), eiginleika efnanna (vatnsleysanleika, fitubindingu, o.fl.), útbreiðslu á norðurslóðum og dreifingu. Rætt verður um leiðir mengandi efna inn í lífverur og fjallað um uppsöfnun og mögnun í lífverum. Annar hluti námskeiðsins fjallar um áhrif mengandi efna á samfélög, tegundir, stofna og einstaklinga. Rætt verður um áhrif á fjölbreytileika og útbreiðslu tegunda. Fjallað verður um lífeðlisfræðileg áhrif mengunar (t.d. áhrif á öndun og vaxtarrými), lífefnafræðileg áhrif (t.d. hvötun cytochrome P450, hvötun á metallothionein próteinum, myndun á vitellogenin, áhrif á stöðugleika leysikorna), auk áhrifa á vefgerð, æxlamyndun, vansköpun og áhrif á erfðaefni (DNA viðbætur). Í þriðja hluta námskeiðsins verður fjallað um mengun á og við Ísland. Verklegar æfingar samanstanda af þremur til fjórum stórum sjálfstæðum verkefnum, sem gilda 20% af einkunn og verða unnin í striklotu.

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Erfðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjáningar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.

Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.

Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.

Fjallað verður um eftirfarandi efni:

Fæðuvefir og samfélög landvistkerfa bæði ofanjarðar og neðan. Hlutverk lífvera og annarra þátta við mótun búsvæða á landi. Samband líffræðilegrar fjölbreytni og vistkerfisferla, m.a. frumframleiðslu og hringrás næringarefna. Áhrif einstakra lífveruhópa og eiginleika þeirra, einkum plantna og grasbíta, á vistkerfisferla, stöðugleika og þanþol vistkerfa. Áhrif loftslagsbreytinga og landnýtingar á vistkerfi, með áherslu á norðurslóðir. Sérstaða íslenskara vistkerfa. Endurheimt hruninna og hnignaðra vistkerfa. Helstu aðferðir við rannsóknir á landvistkerfum.

• Séreinkenni spendýra
• Megináhersla er lögð á íslensk og önnur norræn spendýr
• Aðlögun og sérhæfing
• Orkubúskapur
• Samkeppni
• Heimasvæði og óðul
• Stofnstærð og stofnsveiflur
• Aðferðir við stofnstærðarmat: a) Talningar, b) Merkingar og endurheimtur, c) Aldursgreiningar og veiði

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

4 ECTS 8-day summer school course -Ecology and Evolution of Aquatic Parasite

Do you want to learn how to use AI to analyse images and increase automation in biological monitoring? Join us on this course to learn about Analysing image data harnessing AI – A case studies of seabirds, penguins and seals monitoring.

How far can this take you with your own research? The world is changing and monitoring techniques are too - both with emerging technologies and new strategies such as citizen science. At the same time, artificial intelligence (AI) is resulting in our ability to analyse large data sets in ways we were not able to before. To harness this new capability, it needs to be more widely understood and incorporated into data collection.

Seabirds and seals are both important components of the marine ecosystem in their own rights but also both act as important indicators as to the health of marine systems (or a sentinel species). We seek to monitor them as they are of direct interest (e.g., threatened species, disease vectors), and as they are an easily measured indicator for the health of a broader ecosystem (e.g., cliff nesting seabirds like kittiwakes or guillemots).

This summer school will show you how to harness the power of AI, citizen science and new monitoring techniques including drones and camera traps as well as how to best analyse those datasets. The whole point is to go beyond what you would be comfortable with in either analysis or scale. It will be a challenging and rewarding time!

About the course

We have arranged an 8-day summer school course for 4 ECTS (credits) in Reykjavík, Iceland. Dates for this course are May 18^th to 29^th, 2026. Led by visiting scientists Dr Tom Hart (Oxford Brookes University), Dr Maria Christodoulou (University of Oxford) and Dr Liliana Schoenberger (Royal Haskoning DHV), in collaboration with the University of Iceland, this course will feature lectures, tutorials using case studies on seabirds and seals, engaging discussions on the state of AI in biology research, as well as hands-on field work to acquire the data to analyse during the course.

Almenn og sérhæfð atriði um efnatengi og sameindabyggingu. Efnahvörf. Lofttegundir, vökvar, föst efni og lausnir. Varma- og hraðafræði efnahvarfa. Efnajafnvægi: sýru-basa, fellingar-, komplex- og afoxunar. Rafefnafræði og kjarnefnafræði.

Mólrúmmál loftkenndra efna, Efnafræðileg varmafræði, Vermi hvarfa og lögmál Hess, Hraði efnahvarfa, niðurbrot vetnisperoxíðs, Le Chatelier, ákvörðun jafnvægisfasta með ljósgleypnimælingum, ákvörðun jónunarfasta sýru.

Skyldumæting er í öryggisfyrirlestur í fyrstu kennsluvikunni.

Námskeiðið taka nemendur í líffræði samhliða bóklega námskeiðinu Almenn efnafræði L.

Plöntur sem lífverur. Bygging og starfsemi plöntufrumna. Ljóstillífun. Innri og ytri bygging plantna, vöxtur og æxlun. Ættliðaskipti, þróun, lífsferlar og einkenni helstu hópa plantna. Fjallað verður um mosa og útdauðar og núlifandi æðplöntur en mest áhersla lögð á blómplöntur. Þróun og gerð fræja, blóma og aldina. Helstu lífbelti jarðar. Gróður á Íslandi.

Verklegar æfingar: Dæmi skoðuð af ytri og innri byggingu plantna úr helstu hópum. Frumu- og vefjagerðir, fræ, blóm og aldin. Áhrif umhverfis á ytri og innri gerð plantna.

Próf: Verklegt (20%) og skriflegt próf (80% heildareinkunnar). Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Fyrirlestrar: Lögmál Mendels. Erfðamynstur. Kynlitningar, mannerfðafræði, umfrymiserfðir. Litningar, bygging litninga. Frumuskipting (mítósa og meiósa), lífsferlarTengsl, endurröðun og kortlagning gena í heilkjörnungum. Bakteríuerfðafræði. Kortlagning gena í heilkjörnungum, fernugreining. Arfgerð og svipgerð. Litningabreytingar. Erfðaefnið DNA. Eftirmyndun. Umritun. Próteinmyndun. Stjórn genastarfs. Erfðatækni. Erfðamengjafræði. Stökklar. Stökkbreytingar. Viðgerðir og endurröðun. Greiningartækni erfðavísinda. Tilraunalífverur.

Verklegar æfingar: I. Ávaxtaflugan Drosophila melanogaster. II. Mítósa í laukfrumum. III. Plasmíð og skerðiensím. IV.DNA mögnun. V. Grósekkir Sordaria fimicola.

Próf: Verklegt og dæmatímar 25%, skriflegt 75%. Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Í námskeiðinu er fjallað um undirstöðuatriði stærðfræðigreiningarinnar auk fylkjareiknings. Meginviðfansefni eru fallahugtakið, helstu föll stærðfræðigreiningarinnar (lograr, veldisvísisföll, hornaföll), markgildi, samfelldni, deildanleg föll, reglur um afleiður, afleiður af hærra stigi, stofnföll, notkun deildareiknings (svo sem  útgildisverkefni og línuleg nálgun), meðalgildissetningin, heildun, ákveðin heildi og reiknireglur fyrir þau, undirstöðusetning stærðfræðigreiningarinnar, heildunartækni, óeiginleg heildi, afleiðujöfnur, vigrar og fylkjareikningur.

Námskeið fyrir nemendur í líffræði. Í fyrirlestrum, sem eru sameiginlegir með námskeiðinu Efnafræði II (EFN205G), verður höfð hliðsjón af viðfangsefnum líffræðinnar. Farið verður yfir flesta flokka lífrænnar efnafræði, þ. e. alkana, alkena, alkýna, arómata, alkýl halíð, alkóhól, etera, aldehýð, ketóna, lífrænar sýrur, sýruafleiður og amín. Farið verður yfir grundvallaratriði í rúmefnafræði sameinda nemendur læra að finna út hvenær sameind er hendin og hvenær hún er ljósvirk.

Mörg þeirra efna sem við notum í okkar daglega lífi (plast, lyf, lím o.fl.) eru framleidd fyrir tilstilli lífrænnar efnafræði. Lyfjaiðnaðurinn er gott dæmi þar sem nauðsynlegt er að geta smíðað rétt efni, einangrað/hreinsað þau og borið kennsl á hvort rétt efni hafi verið smíðað.

Í þessu námskeiði munu nemendur fá þjálfun í grunnaðferðunum sem notaðar eru í verklegri lífrænni efnafræði og nýtist í efnaiðnaði. Einnig munu nemendur öðlast þjálfun í greiningu á niðurstöðum og skrifum á vísindalegum skýrslum.

Í námskeiðinu kynnast nemendur þeim hluta lífheimsins sem er almennt ekki sjáanlegur með berum augum.  Þeir fá tækifæri til að öðlast grundvallar þekkingu á eiginleikum baktería, arkea, veira og heilkjarna örvera.  Í námskeiðinu verður m.a. annars fjallað um hvernig örverur eru undirstaða lífs á jörðinni, hlutverk þeirra í vistkerfum, hvernig sumar þeirra valda sjúkdómum eða eru mikilvægar í rannsóknum og iðnaði.  Nemendur fá innsýn í störf örverufræðinga og verklega þjálfun sem er nauðsynleg fyrir hvers kyns störf á rannsóknarstofum

 Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi dýra. Fjallað verður um grundvallaratriði í flokkunarfræði, þróun og tengsl fylkinga. Gefið verður yfirlit yfir líkamsbyggingu og starfsemi, þroskun, lífsferla og lifnaðarhætti helstu fylkinga hryggleysingja. Fjallað verður ítarlega um frumdýr, svampa, holdýr, flatorma, þráðorma, lindýr, liðorma, liðdýr og skrápdýr, auk þess sem fleiri fylkingar verða kynntar.

Æfingar: Skoðun og krufning tegunda úr helstu flokkum hryggleysingja. Skyldumæting í alla verklega tíma.

Í byrjun námskeiðsins eru grunnhugtök tölfræðinnar kynnt til sögunnar, svo sem þýði, úrtak og breyta. Nemendur kynnast hinum ýmsu lýsistærðum og myndrænni framsetningu gagna. Því næst verður farið í grundvallaratriði líkindafræðinnar og helstu líkindadreifingar kynntar.

Síðasti hluti námskeiðsins snýr að ályktunartölfræði þar sem skoðuð verða tilgátupróf og öryggisbil fyrir meðaltöl, dreifni og hlutföll og farið verður í fervikagreiningu og aðhvarfsgreiningu. Nemendur læra beitingu allra ofangreindra aðferða í tölfræðihugbúnaðinum R.

Fjallað verður ítarlega um grundvallaratriði fyrri hluta almennrar lífefnafræði, einkum eiginleika og myndbyggingu stórsameinda.

Efni fyrirlestra: Viðfangsefni lífefnafræðinnar; millisameindahrif lífefna í vatnslausnum; amínósýrur, peptíðtengi og myndbygging próteina; svipmótun próteina og stöðugleiki; sykrur og fjölsykrur; fitur og frumuhimnur; himnuprótein; ensím og hraðafræðilegir eiginleikar ensíma og stjórn ensímvirkni; ensímhvötun og hvarfgangar ensíma; boðflutningar og helstu ferli; himnuviðtakar; samsetning kjarnsýra og myndbygging; DNA stöðugleiki. Gefin er hluteinkunn fyrir miðannarpróf sem hefur vægið 15% af heildrareinkunn.

Vinnulag
Fyrirlestrar tvisvar í viku; 2 x 40 mín.  Miðannarpróf gildir 15% af lokaeinkunn.  Ekkert verklegt.  Haldnir eru 2x 40 mín. dæmartímar vikulega.

Námsmat
Lokapróf (3 klst): 85 %
Miðannarpróf: 15 %

Kennslubók
Nelson D.L. & Cox M.M. Lehninger: Principles of Biochemistry, 8th Edition, 2021

Aukaefni:
Fyrirlestrarglærur (PowerPoint).
Ítarefni svo sem þurfa þykir.

Fyrirlestrar: Inngangur. Þróun. Atferli. Söguleg og vistfræðileg líflandafræði. Stofnar: Dreifing einstaklinga, fæðingartölur, dánartölur, aldursdreifing, líftöflur, vöxtur stofna, stjórnun stofnstærðar, stofnsveiflur, far. Samspil tegunda: Samkeppni, afrán, aðrar samskiptagerðir. Nýting stofna. Stjórnun skaðlegra stofna. Samfélög: Lýsing, tegundasamsetning, tegundafjölbreytni, fæðuvefir, stöðugleiki, framvinda. Vistkerfi: Hringrás efna, orkurás, framleiðni, næringarkeðjur, neysluþrep, vistfræðileg nýtni. Vistfræði þurrlendis, sjávar og fersks vatns; kynning á íslenskum vistkerfum.

Verklegar æfingar: Æfingar fara fram á rannsóknarstofu og úti við, eftir því sem aðstæður leyfa. Lögð er áhersla á beitingu vísindalegrar aðferðar í vistfræði, breytileika og meðferð gagna. Gerðar eru m.a. athuganir á stofnvexti bifdýrastofna, athuganir á gróðri og dýralífi þurrlendis, á beltaskiptingu í fjöru og á straumvatni.  Mætingarskylda: í allar verklegar æfingar. 

Námsmat: Verklegar æfingar og málstofur vega 50% af lokaeinkunn, þar af ein viðameiri skýrsla sem kynna á munnlega. Tíu skriflegar æfingar gilda 50%. Lágmarkseinkunnar er krafist úr öllum námshlutum.

Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi hryggdýra. Fjallað verður um uppruna seildýra og hryggdýra. Gefið verður yfirlit yfir fósturfræði hryggdýra og helstu líffærakerfi þeirra. Rakin er þróunarsaga og uppruni helstu flokka seildýra og hryggdýra. Jafnframt er greint frá helstu aðlögunum þeirra að því umhverfi sem þau lifa í.

Æfingar: Krufning og skoðun mismunandi hryggdýra.

Kynntar verða helstu aðferðir við einangrun og greiningu á próteinum og eiginleikum þeirra. Áhersla verður lögð á hvötunareiginleika ensíma og mælingar á ensímvirkni. Farið verður í helstu kenningar um ensímvirkni, svo sem Michaelis-Menten jöfnu og nemendur bera saman gögn sín við kenningar. Nemendur munu vinna við einfaldar mælingar á próteinum og ensímhvörfum ásamt því að vinna úr mælingum og nýta hugbúnað í próteinfræðum.

Frumulíffræðin eru fyrirlestrar (4f á viku í 14 vikur): Inngangur að frumulíffræði, bygging og þróun heilkjörnunga. Megináherslan er á heilkjörnunga. Efnafræði fruma og orkubúskapur, gerð og eiginleikar stórsameinda. Bygging og hlutverk frumuhluta sem dæmi frumuhimnu, kjarna, hvatbera, grænukorna, frumugrindar, golgíkerfis, leysikorna og oxunarkorna. Stjórnkerfi og boðleiðir innan frumu og samskipti milli fruma ásamt frumusérhæfingu og krabbameinum. Utanfrumuefni er fjallað ítarlega um og grunnatriði ónæmisfræði.

Vefjafræði er stutt námskeið sem kennt er í tengslum við námskeið í frumulíffræði. Námskeiðið er byggt upp sem verklegt námskeið með stoðfyrirlestrum og standa fyrirlestrar og verklegar æfingar yfir í 5-6 vikur. Verklegar æfingar byggja fyrst og fremst á skoðun vefjasýna undir ljóssmásjá. Mætingarskylda er í verklega tíma. Lokapróf er haldið tveimur vikum eftir síðasta fyrirlestur og byggir það á sýningu smásjármynda/smásjársneiða og svörum við spurningum tengdum þeim vefjum sem til sýnis eru hverju sinni.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu vefjaflokka og uppbyggingu helstu vefja innan hvers flokks fyrir sig, ásamt því að gera nemendur sjálfstæða í notkun smásjár við skoðun vefjasýna. Í fyrirlestrum er fjallað um eiginleika einstakra vefja, einkenni og starfssemi ólíkra frumugerða og eiginleika millifrumuefnis í vefjasértæku samhengi. Einnig er fjallað sérstaklega um undirbúning sýna.

Þroskunarfræði er fag sem tengir mörg helsu fagsvið líf- og læknavísindanna og hafa margar af mikilvægustu uppgötvunum um hlutverk og virkni sameinda og frumulíffræðilegra ferla komið úr þroskunarfræðilegum rannsóknum. Markmið námskeiðsins er að nemendur að öðlist góða yfirsýn yfir helstu viðfangsefni á fagsviði þroskunarfræði og þekkingu á grundvallaratriðum í þroskun ólíkra hópa hryggdýra og hryggleysingja, allt frá lífverunni í heild yfir í hlutverk sameinda í stjórn þroskunarferla.

Helstu viðfangsefni bóklegra tíma: Hlutverk þroskaferla. Saga þroskunarfræðinnar og aðferðafræði. Þroskaferlar hjá einfrumungum. Tímgun og erfðablöndun. Helstu þroskunarmynstur fjölfruma dýra. Mörkun og ákvörðun frumuþroskunarferla. Erfðatæknilegar aðferðir í þroskunarfræði. Stjórn genatjáningar, - þroskunargen. Mikilvægi samskipta milli fósturfrumna. Bygging kynfrumna, frjóvgun og virkjun eggs. Fyrstu stig fósturþroskunar hjá völdum hryggleysingjum. Mörkun fósturöxla og líkamshluta hjá ávaxtaflugunni með stigskiptri stýringu gena. Fyrstu stig fósturþroskunar og mörkun fósturöxla hjá froskdýrum, fuglum og spendýrum. Afleiður fósturlaga og myndun líffæra hjá hryggdýrum. Þroskun tauga- og æðakerfis. Myndun útlima ferfætlinga. Kynákvörðun, kynþroski og myndun kynfrumna meðal hryggleysingja og hryggdýra. Þroskaferlar plantna. Þróun stýrikerfa þroskunar. Hagnýt þroskunarfræði.

Í verklegum æfingum er markmið námskeiðsins að nemendur öðlist þjálfun og færni í vinnu með smásæjan efnivið og smásjárgreiningu fóstra og styrki þekkingu sína á helstu þroskunarviðburðum og fósturhlutum ólíkra hópa. Jafnframt er lögð áhersla á að nemendur kynnist og fái æfingu í notkun gagnagrunna á sviði þroskunarerfðafræði og erfðafræði.

Æfingar: Notkun gagnagrunna og erfðamengisvafra; fósturþroskun og myndbreyting ávaxtaflugu; þroskun sebrafiska; þroskun hænufóstra.

Nemendaverkefni: Nemendur halda tvær kynningar og undirbúa kynningarefni um viðfangsefni sem tengist námskeiðinu. Hvor þeirra gildir 10% af heildareinkunn og er lágmarkseinkunnar (5,0) er krafist fyrir báðar kynningar.

Þróunarfræði: Darwin og þróun þróunarkenningarinnar.  Tré lífsins. Náttúrulegt val og aðlögun. Vélvirki þróunarinnar: Erfðabreytileiki sem hráefni þróunar og tilurð hans. Erfðafræði náttúrlegs val.   Þróun svipfarseiginleika. Hending í þróun og aðgreining stofna.Tegundir og tegundamyndun. Afleiðingar þróunar: Kynæxlun, Þróun lífsöguþátta. Barátta og samvinna. Samþróun meðal tegunda. Þróun gena og erfðamengja. Þróun og þroskun. Stórþróun og saga lífsins: Flokkun og þróunarsaga. Þróun og jarðsaga.  Landafræði þróunar. Þróun fjölbreytileika lífvera. Þróun fyrir ofan stig tegunda. Þróun manns og samfélag manns.

Fyrirlestrar: Innra umhverfi, himnuspenna, taugafruman, taugakerfi, hormónakerfi, skynjun, vöðvar, blóðrás, öndun, útskilnaður, vatnsbúskapur, melting, orkubúskapur, efnaskipti, æxlun. 

Verklegar æfingar: 1) Himnuspenna og boðefni. 2) Taug/beinagrindarvöðvi. 3) Viðbrögð líkamans við áreynslu.
Önnur verkefni: Áfangapróf verða lögð fyrir á misserinu og verkefni, eins og nánar er tilgreint í kennsluáætlun í upphafi námskeiðs.

Helstu lykiltegundir lífvera í vistkerfum Íslands. Kynntar verða aðferðir við rannsóknir í vettvangsrannsóknum í vistfræði. Lögð er áhersla á færni í þekkja helstu tegundir í flóru og fánu landsins, auk greiningu gagna og samanburð við fræðilega þekkingu um vistfræði búsvæða.  

Vettvangsferðir byrja fyrir formlegt upphaf haustmisseris. Kennsla getur bæði farið fram á virkum dögum sem og um helgar. 

Allir nemendur verða að mæta í námsferð og skila dagbók til að geta lokið námskeiðinu.

Plöntulífeðlisfræði fjallar um hvernig svipgerðir plantna verða til fyrir samspil umhverfis, þroskaástands, stjórnun erfðamengis, próteina og umbrotsefna, frumna og vefja, vistfræðilegs hlutverks og þróunarsögu. Námskeiðið samþættir fyrirlestra og umræður við vísindarit, vettvangsathuganir, tilraunir á rannsóknastofu, rannsóknir á lifandi plöntum og lífupplýsingafræði. Nemendur fylgjast með villigerðar- og stökkbreyttum Arabidopsis-plöntum í gegnum þroska, rannsaka Pinguicula og Honckenya á vettvangi á Íslandi og kanna sérhæfða starfsemi plantna með kjötætum plöntum á borð við Dionaea og Nepenthes. Viðfangsefni í erfðamengisfræði eru meðal annars bygging og skýring erfðamengja, genafjölskyldur, stjórnunarnet, fjöllitnun, færanlegir erfðaþættir, samraðaðar erfðamengissvæði, genatvöföldun og brottfall tvítekinna gena. Verkleg vinna felur í sér ræktun plantna, samanburðarlíffærafræði, lífeðlisfræðilegar og lífefnafræðilegar mælingar, svipgerðargreiningu á þroska og lífupplýsingafræðilega greiningu erfðamengja. Í öllu námskeiðinu er lögð áhersla á megindlegar athuganir, viðeigandi viðmið, tilraunahönnun, orsakahugsun, óvissu og að greina skýrt á milli beinna gagna og túlkunar við uppbyggingu samþættra skýringa frá erfðamengi til svipgerðar.

Meginmarkmið þessa námskeiðs er að kynna fyrir nemendum aðferðafræði á vettvangi, greiningu, náttúrusögu, kerfisfræði, þróun og vistfræði skordýra og áttfætlna, dýr sem saman mynda langfjölbreyttasta hóp lífvera á jörð. Áhersla verður á kerfisfræði í sinni víðustu merkingu, ræðum líffræðilegan fjölbreytileika, víddir hans og mælingar,  og hvernig við lærum um tengsl lífvera og uppgötvum nýar tegundir (skyldleikagreining og flokkunarfræði).  Á námskeiðinu er allir helstu hópar skordýra og áttfætlna (aðallega köngulær) kynntir. 

Nemendafyrirlestrar: Hver nemandi flytur fyrirlestur um nýjungar í skordýrafræði.

Æfingar: Lögð er áhersla á vettvangsferðir í byrjun annar, þarsem nemendur safna skordýrum og áttfætlum út í náttúrunni með ýmsum aðferðum. Þegar hægir á dýralífinu með haustinu færist verkleg kennsla inná rannsóknarstofuna. Þar munu nemendur eingöngu vinna með eignin dýr, og læra að greina þau og búa um þau eins og gert væri á náttúrugripasafni. Lokaverkefni í verklegu eru skil á skordýra- og áttfætlusafni hvers og eins nemenda. Verklegt próf verður í greiningu dýra.

Próf samtals 60% af einkunn, nemendafyrirlestrar 10%, verklegt próf 10% og skordýrasafn 20% af heildareinkunn.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Landnýting. Ólífrænar auðlindir, nýting og umhverfisáhrif. Sjálfbær þróun. Líffræðileg fjölbreytni í tíma og rúmi. Eyðing búsvæða, útdauði og válistar. Ágengar tegundir. Jarðvegur og eyðimerkurmyndun. Verndun landslags og víðerna. Siðfræði og saga náttúruverndar, íslensk náttúruverndarlöggjöf. Hagnýting vistfræðilegrar þekkingar til að leysa umhverfisvandamál, vistheimt, mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, rammaáætlun um vernd og nýtingu náttúrusvæða. Hnattrænar loftslagsbreytingar. Ein dagsferð á laugardegi í september. Nemendafyrirlestrar.

Námskeiðið skiptist í fyrirlestra, verklegar æfingar, umræður og nemendaverkefni.

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Helstu tilraunalífverur og erfðatæknilegar aðferðir við notkun þeirra kynnt. 
Námsefni er lagt fram af kennurum. 

Verklegar æfingar: Í námskeiðinu er höfuðáhersla á þjálfun í verklegum vinnubrögðum á rannsóknastofum í sameindalíffræði og virkri notkun vinnubókar.

Umræðutímar tengjast fyrirlestrum, verklegum æfingum og nemendaverkefnum.

Helstu efnisatriði námskeiðs:  Vinnubækur og vinnuseðlar, rafræn tól. Grunnatriði DNA vinnu og DNA klónunar. Plasmíð og plasmíðkort, vinna með DNA raðir. Grunnatriði vinnu með E. coli og plasmíð. Grunnatriði frumuræktunar og genaleiðslu í frumur. Tilraunalífverurnar E.coli, S. cerevisiae, A. thaliana, D. rerio, C. elegans, D. melanogaster og M. musculus. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og fjölfrumungu. CRISPR tækni og hönnun gRNA. RNAi og fleiri aðferðir til genabælingar og skilyrtrar genatjáningar. Flúrprótein og önnur próteinmerki og vísigen. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun, PCR, qPCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Sértæk greining próteina með mótefnum. Framleiðsla og notkun mótefna - western blettun, ónæmislitun fruma og vefja. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum.

Nemendaverkefni: Fjallað um nýlega aðferð eða aðferðahóp. Fyrirkomulag breytilegt frá ári til árs en miðar að því að þjálfa nemendur í heimildavinnu og miðlun vísindalegs efnis á fjölbreyttan hátt. Dæmi um framsetningu: Veggspjöld, ritgerðir, fyrirlestrar, myndbönd, vefsíður, hlaðvörp.

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Megináhersla námskeiðs er á einkenni lífverusamfélaga ferskvatnsvistkerfa og ólíkar gerðir þeirra. Fjallað verður um þætti sem móta samfélögin, með áherslu á efnafræðilega, eðlisfræðilega, vistfræðilega og þróunarfræðilega ferla. Kynnt verður efna- og eðlisfræði ferskvatns og tengsl þeirra við eiginleika vistkerfi vatna og áa, orkuflæði og næringarefnahringrásir. Helstu gerðir ferskvatnsvistkerfa verða ræddar, einkenni, flokkun og virkni. Áhersla verður á lífverur, stofna, samfélög og fæðuvefi í ferskvötnum sem og aðlögun lífvera að vatnalífi. Sérstaklega verður fjallað um íslensk ferskvatnsvistkerfi en erlend dæmi verða einnig krufin. Fjallað verður um umhverfisógnir sem steðja að ferskvatni; nýtingu, umgengni og verndun ferskvatnvistkerfa, sérstaklega vegna áhrifa mannsins. Þar með talið veiðar, ræktun og fiskeldi, og röskun ferskvatnskerfa vegna vatnsaflsvirkjana, mengunar og loftslagsbreytinga. Farin verður í feltferðir í ár, vötn og lindir, og þau könnuð m.a. með tilliti til rennslishátta, dýpis, lífríkis og mögulegra álagsþátta. Tekin verða sýni til skoðunar í rannsóknastofu og einfaldar mælingar gerðar.

Nemandi getur að fengnu samþykki námsbrautar fengið 2 e fyrir fyrirlestur eða veggspjald, sem hann er fyrsti höfundur að, og er framlag hans á vísindalegri ráðstefnu sem hann sækir.

Eingöngu er hægt að fá metið veggpjald eða fyrirlestur einu sinni á námsferli í BS og MS námi.

Fyrri hluti námskeiðsins byggir að stærstum hluta á fyrirlestrum nemenda. Nemendur munu velja viðfangsefni í fyrsta tíma námskeiðsins, lesa vísindagreinar því tengdu (sem kennari útdeilir) og flytja um það fyrirlestur. Áhersla verður lögð á sameindalíffræði veira og veirusýkinga. Nemendur skrifa að auki stutta samantekt um efni fyrirlestrar.

Í seinni hluta námskeiðsins, lotum 2-4, tekur við kennsla um ólíka sýklahópa. Fjallað verður um sveppi og sníkjudýr, bakteríusýkla og bakteríusjúkdóma, veirur og veirusjúkdóma. Fyrir hvern sýklahóp verður farið yfir helstu sjúkdómsvalda er sýkja menn, náttúruleg heimkynni þeirra og smitleiðir. Einnig um smitsjúkdóma af þeirra völdum, einkenni, greiningu, meðferð og fyrirbyggjandi aðgerðir. Á námskeiðsvef og glærum kennara kemur fram nákvæm útlistun á því efni sem nemendur eiga að tileinka sér. Boðið verður upp á fjölmörg æfingapróf sem nemendur geta spreytt sig á og umræðufund í lok námskeiðsins Þessi yfirferð er sameiginleg með námskeiði fyrir nemendur í hjúkrunarfræði (LÍF110G).  

Tölulegar aðferðir eru nauðsynlegur hluti margra greina líffræðinnar og nýtast við högun tilrauna og athugana, samantekt niðurstaðna og greiningu þeirra.

Nemendur læra þessar aðferðir og meðhöndla fjölbreytt gögn úr líffræði, auk þess að fá þjálfun í að túlka niðurstöður mismunandi aðferða.

Helstu aðferðir eru sennileikamat, línuleg líkön, aðhvarf og fervikagreining og alhæfð línuleg líkön til að greina talningar. Fjölbreytugreining. Endursýnataka (skóþvengur og umröðunarpróf). Kennt verður að nota tölfræðiforritið R til að framkvæma þær aðferðir sem fjallað er í fyrirlestrum. Nemendur leysa verkefni sem byggja á líffræðilegum rannsóknum og fá ítarlega þjálfun í notkun R.

Námsmat: Verkefni 30% og skriflegt próf 70%.Nemandi þarf að ná lágmarkseinkunn í báðum prófþáttum.

Ónæmiskerfið, líffæri og frumur. Ósérhæfðar varnir, átfrumur, kompliment, bólgusvör. Sérhæfðar varnir, þroskun og sérhæfing eitilfruma. Sértækni og greining eitilfrumna, starfsemi B- og T-frumna. Ónæmissvör, ónæmisminni, slímhúðarónæmi. Sjálfsþol og stjórnun ónæmissvara. Ónæmisbilanir, ofnæmi, sjálfsofnæmi og líffæraflutningar. Meðferð sjálfsofnæmis- og ofnæmissjúkdóma. Bólusetningar og varnir gegn smitsjúkdómum. Ónæmisfræðilegar greiningaraðferðir. Nemendafyrirlestrar um valdar vísindagreinar og umræður undir leiðsögn kennara.

Skyldunámskeið fyrir næringarfræðinema.

Lesnámskeið á framhaldsstigi um líflandafræði.

Innihald: Námskeiðið fjallar um landfræðilega dreifingu lífvera í tíma og rúmi, en því tengist fjölda annarra fræðigreina. Markmið námskeiðsins er að gefa nemendum innsýn í sögu tilgátna og hugmynda sem mótað hafa nútíma rannsóknir í líflandafræði. Í framhaldi af því verður farið í meginrannsóknir sem eru nú í gangi, með því að greina sérstakar undirgreinar líflandafræðinnar og tilgátur sem drífa áfram núverandi rannsóknir. Grunnskilningur á mynstrum í dreifingu lífvera og hvernig þau hafa mótast, viðhaldist eða breyst, er sérstaklega milkilvægur í dag í ljósi loftslagsbreytinga sem munu halda áfram að móta dreifingu lífvera.

Kennslufyrirkomulag og aðferðir: Kennari og nemendur leiða umræður um bókakafla
og vísindagreinar valdar af kennara.

Námsmat: Þátttaka og mæting 50%, stj́órn umræðu 50%

Markmið námskeiðsins er að efla þekkingu nemenda á grundvallarþáttum náttúruverndar, og hlutverki stjórnunar og skipulags í náttúruvernd hér á landi með tilliti til ferðamennsku innan friðlýstra svæða. Áhersla verður lögð á samspil verndunar og ferðamennsku, með sérstakri áherslu á líffræðilega og jarðfræðilega fjölbreytni. Farið yfir helstu álitamál um landnýtingu og náttúruvernd, sem og helstu ákvæði friðlýsingar og náttúruverndarlaga. Jafnframt verður skipulag ferðamennsku innan friðlýstra svæða rædd ásamt öryggismálum ferðamannastaða í náttúru Íslands. Kennd verða grundvallaratriði umhverfistúlkunar og leiðsagnar um náttúrusvæði. Nemendur munu enn fremur fá hagnýta reynslu í umhverfistúlkun og landvörslu og þar með talið móttöku gesta og þjónustuhlutverk landvarða.

Farnar verða fjórar vettvangsferðir á námskeiðstímanum. Ferðir og uppihald kosta nemendur sjálfir. Til að ljúka námskeiðinu þurfa nemendur að mæta í allar ferðirnar.

Námskeiðið er unnið í samvinnu við Umhverfisstofnun. Lokapróf í námskeiðinu, ásamt BS prófi í jarðfræði, líffræði, landfræði eða ferðamálafræði, veitir starfsréttindi Umhverfisstofnunar sem landvörður.

Námskeiðið fjallar um sníkjudýr dýra og samskipti hýsils og sníkjudýra í vistfræðilegu samhengi. Í fyrri hluta námskeiðsins (vikum 1 til 6) verða nemendur kynntir helstu hópar sníkjudýra með áherslu á: (1) form og virkni; (2) þróun; (3) almenna lífsferla; (4) líffræðileguan fjölbreytileika; (5) og þróunarfræðileg tengsl og flokkunarfræði. Í seinni hluta námskeiðsins (vikum 7 til 14) verður sjónum beint að vistfræði og þróun víxlverkana hýsils og sníkjudýra, áhrifum sníkjudýra á hýsila sína og vistkerfi, og hvernig sníkjudýr aðlagast breyttu umhverfi.

Fyrirlestrar (4 x 40 mínútur á viku) verða úr efni kennslubókar og viðbótarheimildum og til viðbótar þeim vera umræðufundir (2 x 40 mínútur) þar sem farið verður í viðbótarefni úr kennslubókum og vísindagreinum.  Í hverri viku munu nemendur lesa 5 vísindagreinar og mun einn úr  hópnum kynna efni hverrar þeirra í stuttu máli (á 3-5 mínútum). Að því loknu verður efni greinarinnar rætt í u.þ.b. 10-15 mínútur.

Í verklegum hluta námskeiðsins verður sjónum beint að aðferðum í sníkjudýrafræði. Í vettvangsferð (helgarferð) munu nemendur safna sníkjudýrum og æfa mismunandi aðferðir eins og slím-, blóð- og saurstrok og litun sýna með aðstoð kennslumyndbanda. Í lok námskeiðs mun hver nemandi mun skila eigin smásjárglerjum og greiningum á sníkjudýrum í þeim og verður námsmat í lok annar að hluta til byggt á þeim.

Nemendum verða kynntar mikilvægar fræðigreinar í sníkjudýrafræði með ritgerðar- og málstofuverkefnum um valin efni sem bæta við það sem fjallað er um í fyrirlestrum. Mástofan og ritgerðarvinnan mun miða að því að efla gagnrýna hugsun og skilning á heildarsamhengi viðfangefnanna.

Í námskeiðinu verður fjallað um uppbyggingu og virkni sjávar- og vatnavistkerfa. Auk þess verður áhersla á haffræði, eðlis- og efnafræði sjávar og vatna, einkenni búsvæða og lífríkis á norðlægum breiddargráðum, næringarefnaferla, fæðukeðjur, líffræðilega fjölbreytni, samfélagsvistfræði og búsvæðanýtingu. Farið verður yfir nýtingu stofna í sjó og ferskvatni hérlendis. Feltferðir, verkefni og dæmatímar kynna nemendur fyrir vistkerfum sjávar, ferskvatns og fjörunnar. Verkefnin eru byggð upp með rannsóknaráherslum, út frá vísindalegum tilgátum, beitingu aðferða við öflun gagna og úrvinnslu. Nemendur rita einnig ritgerð um tiltekið efni innan fagsins og halda erindi um það fyrir kennara og samnemendur.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Kennt á móti LÍF 606M og ráða skráningar hvort námskeiðið er kennt. Íslenska háplöntuflóran; samsetning, fjölbreytni, staða í flóruríki jarðar. Heimskautaflóran: uppruni, kerfisfræði, vistfræði. Líflandafræði flórunnar við Norður Atlantshaf. Ísöld á norðurhveli, ísaldarlok á Íslandi og í Evrópu og gróðursaga á nútíma. Tilgátur um aldur og uppruna íslensku flórunnar og heimskautaflóru á norðurhveli. Íslenskur jarðvegur; myndun, sérkenni, eyðimerkurmyndun. Gróðurbreytingar eftir landnám. Flóra Íslands og útbreiðsla um landið, búsvæði og líffræðileg fjölbreytni. Válistategundir. Aðferðir til að lýsa og flokka gróður. Íslensk gróðurlendi: flokkun, útbreiðsla, umhverfi og nýting. Verkleg kennsla fer að hluta til fram að sumari til: 4 daga sumarnámskeið.

Skipulag er í höndum umsjónarkennara og stúdenta. Námsferð til útlanda í 2 vikur til að kynnast náttúrufari og lífríki hitabeltisregnskóga, leiruskóga og kóralrifja. Innan misseris eru 20 fyrirlestrar tengdir ferðinni. Heimsóknir í vísindastofnanir. Nemendur fá verkefni til úrlausnar í ferðinni og skila skýrslum. Skylt er að skila skýrslu en hvorki er haldið próf né gefin einkunn.

Fyrirlestrar: Flokkun, bygging og starfsemi fugla. Fæða, varphættir, far, útbreiðsla, fuglafána Íslands. Stofnvistfræði fugla. Nýting og vernd. Æfingar: Kynning á helstu ættum, ákvörðun tegunda. Aðferðir við rannsóknir á líkamsástandi og fæðu. Skoðunarferðir um Suðvesturland til kynningar á tegundum og umhverfi. Ferðirnar eru á kennslumisseri og eftir próftíma í maí. Kynning á aðferðum: Útbreiðsla og búsvæði, talningar, varphættir, atferli, merkingar.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu mengandi efni, gerð þeirra, umfang og dreifingu, og sérstök áhersla verður á áhrif þeirra á lífverur. Í fyrsta hluta námskeiðsins verður fjallað um helstu efnaflokka (þungmálma, þrávirk efnasambönd, PAH efni, TBT og geislavirk efni), eiginleika efnanna (vatnsleysanleika, fitubindingu, o.fl.), útbreiðslu á norðurslóðum og dreifingu. Rætt verður um leiðir mengandi efna inn í lífverur og fjallað um uppsöfnun og mögnun í lífverum. Annar hluti námskeiðsins fjallar um áhrif mengandi efna á samfélög, tegundir, stofna og einstaklinga. Rætt verður um áhrif á fjölbreytileika og útbreiðslu tegunda. Fjallað verður um lífeðlisfræðileg áhrif mengunar (t.d. áhrif á öndun og vaxtarrými), lífefnafræðileg áhrif (t.d. hvötun cytochrome P450, hvötun á metallothionein próteinum, myndun á vitellogenin, áhrif á stöðugleika leysikorna), auk áhrifa á vefgerð, æxlamyndun, vansköpun og áhrif á erfðaefni (DNA viðbætur). Í þriðja hluta námskeiðsins verður fjallað um mengun á og við Ísland. Verklegar æfingar samanstanda af þremur til fjórum stórum sjálfstæðum verkefnum, sem gilda 20% af einkunn og verða unnin í striklotu.

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Erfðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjáningar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.

Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.

Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.

Fjallað verður um eftirfarandi efni:

Fæðuvefir og samfélög landvistkerfa bæði ofanjarðar og neðan. Hlutverk lífvera og annarra þátta við mótun búsvæða á landi. Samband líffræðilegrar fjölbreytni og vistkerfisferla, m.a. frumframleiðslu og hringrás næringarefna. Áhrif einstakra lífveruhópa og eiginleika þeirra, einkum plantna og grasbíta, á vistkerfisferla, stöðugleika og þanþol vistkerfa. Áhrif loftslagsbreytinga og landnýtingar á vistkerfi, með áherslu á norðurslóðir. Sérstaða íslenskara vistkerfa. Endurheimt hruninna og hnignaðra vistkerfa. Helstu aðferðir við rannsóknir á landvistkerfum.

• Séreinkenni spendýra
• Megináhersla er lögð á íslensk og önnur norræn spendýr
• Aðlögun og sérhæfing
• Orkubúskapur
• Samkeppni
• Heimasvæði og óðul
• Stofnstærð og stofnsveiflur
• Aðferðir við stofnstærðarmat: a) Talningar, b) Merkingar og endurheimtur, c) Aldursgreiningar og veiði

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

4 ECTS 8-day summer school course -Ecology and Evolution of Aquatic Parasite

Do you want to learn how to use AI to analyse images and increase automation in biological monitoring? Join us on this course to learn about Analysing image data harnessing AI – A case studies of seabirds, penguins and seals monitoring.

How far can this take you with your own research? The world is changing and monitoring techniques are too - both with emerging technologies and new strategies such as citizen science. At the same time, artificial intelligence (AI) is resulting in our ability to analyse large data sets in ways we were not able to before. To harness this new capability, it needs to be more widely understood and incorporated into data collection.

Seabirds and seals are both important components of the marine ecosystem in their own rights but also both act as important indicators as to the health of marine systems (or a sentinel species). We seek to monitor them as they are of direct interest (e.g., threatened species, disease vectors), and as they are an easily measured indicator for the health of a broader ecosystem (e.g., cliff nesting seabirds like kittiwakes or guillemots).

This summer school will show you how to harness the power of AI, citizen science and new monitoring techniques including drones and camera traps as well as how to best analyse those datasets. The whole point is to go beyond what you would be comfortable with in either analysis or scale. It will be a challenging and rewarding time!

About the course

We have arranged an 8-day summer school course for 4 ECTS (credits) in Reykjavík, Iceland. Dates for this course are May 18^th to 29^th, 2026. Led by visiting scientists Dr Tom Hart (Oxford Brookes University), Dr Maria Christodoulou (University of Oxford) and Dr Liliana Schoenberger (Royal Haskoning DHV), in collaboration with the University of Iceland, this course will feature lectures, tutorials using case studies on seabirds and seals, engaging discussions on the state of AI in biology research, as well as hands-on field work to acquire the data to analyse during the course.

Almenn og sérhæfð atriði um efnatengi og sameindabyggingu. Efnahvörf. Lofttegundir, vökvar, föst efni og lausnir. Varma- og hraðafræði efnahvarfa. Efnajafnvægi: sýru-basa, fellingar-, komplex- og afoxunar. Rafefnafræði og kjarnefnafræði.

Mólrúmmál loftkenndra efna, Efnafræðileg varmafræði, Vermi hvarfa og lögmál Hess, Hraði efnahvarfa, niðurbrot vetnisperoxíðs, Le Chatelier, ákvörðun jafnvægisfasta með ljósgleypnimælingum, ákvörðun jónunarfasta sýru.

Skyldumæting er í öryggisfyrirlestur í fyrstu kennsluvikunni.

Námskeiðið taka nemendur í líffræði samhliða bóklega námskeiðinu Almenn efnafræði L.

Plöntur sem lífverur. Bygging og starfsemi plöntufrumna. Ljóstillífun. Innri og ytri bygging plantna, vöxtur og æxlun. Ættliðaskipti, þróun, lífsferlar og einkenni helstu hópa plantna. Fjallað verður um mosa og útdauðar og núlifandi æðplöntur en mest áhersla lögð á blómplöntur. Þróun og gerð fræja, blóma og aldina. Helstu lífbelti jarðar. Gróður á Íslandi.

Verklegar æfingar: Dæmi skoðuð af ytri og innri byggingu plantna úr helstu hópum. Frumu- og vefjagerðir, fræ, blóm og aldin. Áhrif umhverfis á ytri og innri gerð plantna.

Próf: Verklegt (20%) og skriflegt próf (80% heildareinkunnar). Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Fyrirlestrar: Lögmál Mendels. Erfðamynstur. Kynlitningar, mannerfðafræði, umfrymiserfðir. Litningar, bygging litninga. Frumuskipting (mítósa og meiósa), lífsferlarTengsl, endurröðun og kortlagning gena í heilkjörnungum. Bakteríuerfðafræði. Kortlagning gena í heilkjörnungum, fernugreining. Arfgerð og svipgerð. Litningabreytingar. Erfðaefnið DNA. Eftirmyndun. Umritun. Próteinmyndun. Stjórn genastarfs. Erfðatækni. Erfðamengjafræði. Stökklar. Stökkbreytingar. Viðgerðir og endurröðun. Greiningartækni erfðavísinda. Tilraunalífverur.

Verklegar æfingar: I. Ávaxtaflugan Drosophila melanogaster. II. Mítósa í laukfrumum. III. Plasmíð og skerðiensím. IV.DNA mögnun. V. Grósekkir Sordaria fimicola.

Próf: Verklegt og dæmatímar 25%, skriflegt 75%. Lágmarkseinkunnar er krafist í báðum prófhlutum.

Í námskeiðinu er fjallað um undirstöðuatriði stærðfræðigreiningarinnar auk fylkjareiknings. Meginviðfansefni eru fallahugtakið, helstu föll stærðfræðigreiningarinnar (lograr, veldisvísisföll, hornaföll), markgildi, samfelldni, deildanleg föll, reglur um afleiður, afleiður af hærra stigi, stofnföll, notkun deildareiknings (svo sem  útgildisverkefni og línuleg nálgun), meðalgildissetningin, heildun, ákveðin heildi og reiknireglur fyrir þau, undirstöðusetning stærðfræðigreiningarinnar, heildunartækni, óeiginleg heildi, afleiðujöfnur, vigrar og fylkjareikningur.

Námskeið fyrir nemendur í líffræði. Í fyrirlestrum, sem eru sameiginlegir með námskeiðinu Efnafræði II (EFN205G), verður höfð hliðsjón af viðfangsefnum líffræðinnar. Farið verður yfir flesta flokka lífrænnar efnafræði, þ. e. alkana, alkena, alkýna, arómata, alkýl halíð, alkóhól, etera, aldehýð, ketóna, lífrænar sýrur, sýruafleiður og amín. Farið verður yfir grundvallaratriði í rúmefnafræði sameinda nemendur læra að finna út hvenær sameind er hendin og hvenær hún er ljósvirk.

Mörg þeirra efna sem við notum í okkar daglega lífi (plast, lyf, lím o.fl.) eru framleidd fyrir tilstilli lífrænnar efnafræði. Lyfjaiðnaðurinn er gott dæmi þar sem nauðsynlegt er að geta smíðað rétt efni, einangrað/hreinsað þau og borið kennsl á hvort rétt efni hafi verið smíðað.

Í þessu námskeiði munu nemendur fá þjálfun í grunnaðferðunum sem notaðar eru í verklegri lífrænni efnafræði og nýtist í efnaiðnaði. Einnig munu nemendur öðlast þjálfun í greiningu á niðurstöðum og skrifum á vísindalegum skýrslum.

Í námskeiðinu kynnast nemendur þeim hluta lífheimsins sem er almennt ekki sjáanlegur með berum augum.  Þeir fá tækifæri til að öðlast grundvallar þekkingu á eiginleikum baktería, arkea, veira og heilkjarna örvera.  Í námskeiðinu verður m.a. annars fjallað um hvernig örverur eru undirstaða lífs á jörðinni, hlutverk þeirra í vistkerfum, hvernig sumar þeirra valda sjúkdómum eða eru mikilvægar í rannsóknum og iðnaði.  Nemendur fá innsýn í störf örverufræðinga og verklega þjálfun sem er nauðsynleg fyrir hvers kyns störf á rannsóknarstofum

 Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi dýra. Fjallað verður um grundvallaratriði í flokkunarfræði, þróun og tengsl fylkinga. Gefið verður yfirlit yfir líkamsbyggingu og starfsemi, þroskun, lífsferla og lifnaðarhætti helstu fylkinga hryggleysingja. Fjallað verður ítarlega um frumdýr, svampa, holdýr, flatorma, þráðorma, lindýr, liðorma, liðdýr og skrápdýr, auk þess sem fleiri fylkingar verða kynntar.

Æfingar: Skoðun og krufning tegunda úr helstu flokkum hryggleysingja. Skyldumæting í alla verklega tíma.

Í byrjun námskeiðsins eru grunnhugtök tölfræðinnar kynnt til sögunnar, svo sem þýði, úrtak og breyta. Nemendur kynnast hinum ýmsu lýsistærðum og myndrænni framsetningu gagna. Því næst verður farið í grundvallaratriði líkindafræðinnar og helstu líkindadreifingar kynntar.

Síðasti hluti námskeiðsins snýr að ályktunartölfræði þar sem skoðuð verða tilgátupróf og öryggisbil fyrir meðaltöl, dreifni og hlutföll og farið verður í fervikagreiningu og aðhvarfsgreiningu. Nemendur læra beitingu allra ofangreindra aðferða í tölfræðihugbúnaðinum R.

Fjallað verður ítarlega um grundvallaratriði fyrri hluta almennrar lífefnafræði, einkum eiginleika og myndbyggingu stórsameinda.

Efni fyrirlestra: Viðfangsefni lífefnafræðinnar; millisameindahrif lífefna í vatnslausnum; amínósýrur, peptíðtengi og myndbygging próteina; svipmótun próteina og stöðugleiki; sykrur og fjölsykrur; fitur og frumuhimnur; himnuprótein; ensím og hraðafræðilegir eiginleikar ensíma og stjórn ensímvirkni; ensímhvötun og hvarfgangar ensíma; boðflutningar og helstu ferli; himnuviðtakar; samsetning kjarnsýra og myndbygging; DNA stöðugleiki. Gefin er hluteinkunn fyrir miðannarpróf sem hefur vægið 15% af heildrareinkunn.

Vinnulag
Fyrirlestrar tvisvar í viku; 2 x 40 mín.  Miðannarpróf gildir 15% af lokaeinkunn.  Ekkert verklegt.  Haldnir eru 2x 40 mín. dæmartímar vikulega.

Námsmat
Lokapróf (3 klst): 85 %
Miðannarpróf: 15 %

Kennslubók
Nelson D.L. & Cox M.M. Lehninger: Principles of Biochemistry, 8th Edition, 2021

Aukaefni:
Fyrirlestrarglærur (PowerPoint).
Ítarefni svo sem þurfa þykir.

Fyrirlestrar: Inngangur. Þróun. Atferli. Söguleg og vistfræðileg líflandafræði. Stofnar: Dreifing einstaklinga, fæðingartölur, dánartölur, aldursdreifing, líftöflur, vöxtur stofna, stjórnun stofnstærðar, stofnsveiflur, far. Samspil tegunda: Samkeppni, afrán, aðrar samskiptagerðir. Nýting stofna. Stjórnun skaðlegra stofna. Samfélög: Lýsing, tegundasamsetning, tegundafjölbreytni, fæðuvefir, stöðugleiki, framvinda. Vistkerfi: Hringrás efna, orkurás, framleiðni, næringarkeðjur, neysluþrep, vistfræðileg nýtni. Vistfræði þurrlendis, sjávar og fersks vatns; kynning á íslenskum vistkerfum.

Verklegar æfingar: Æfingar fara fram á rannsóknarstofu og úti við, eftir því sem aðstæður leyfa. Lögð er áhersla á beitingu vísindalegrar aðferðar í vistfræði, breytileika og meðferð gagna. Gerðar eru m.a. athuganir á stofnvexti bifdýrastofna, athuganir á gróðri og dýralífi þurrlendis, á beltaskiptingu í fjöru og á straumvatni.  Mætingarskylda: í allar verklegar æfingar. 

Námsmat: Verklegar æfingar og málstofur vega 50% af lokaeinkunn, þar af ein viðameiri skýrsla sem kynna á munnlega. Tíu skriflegar æfingar gilda 50%. Lágmarkseinkunnar er krafist úr öllum námshlutum.

Fyrirlestrar: Námskeiðinu er ætlað að gefa yfirlit yfir þróunarsögu og helstu atriði í byggingu og starfsemi hryggdýra. Fjallað verður um uppruna seildýra og hryggdýra. Gefið verður yfirlit yfir fósturfræði hryggdýra og helstu líffærakerfi þeirra. Rakin er þróunarsaga og uppruni helstu flokka seildýra og hryggdýra. Jafnframt er greint frá helstu aðlögunum þeirra að því umhverfi sem þau lifa í.

Æfingar: Krufning og skoðun mismunandi hryggdýra.

Kynntar verða helstu aðferðir við einangrun og greiningu á próteinum og eiginleikum þeirra. Áhersla verður lögð á hvötunareiginleika ensíma og mælingar á ensímvirkni. Farið verður í helstu kenningar um ensímvirkni, svo sem Michaelis-Menten jöfnu og nemendur bera saman gögn sín við kenningar. Nemendur munu vinna við einfaldar mælingar á próteinum og ensímhvörfum ásamt því að vinna úr mælingum og nýta hugbúnað í próteinfræðum.

Frumulíffræðin eru fyrirlestrar (4f á viku í 14 vikur): Inngangur að frumulíffræði, bygging og þróun heilkjörnunga. Megináherslan er á heilkjörnunga. Efnafræði fruma og orkubúskapur, gerð og eiginleikar stórsameinda. Bygging og hlutverk frumuhluta sem dæmi frumuhimnu, kjarna, hvatbera, grænukorna, frumugrindar, golgíkerfis, leysikorna og oxunarkorna. Stjórnkerfi og boðleiðir innan frumu og samskipti milli fruma ásamt frumusérhæfingu og krabbameinum. Utanfrumuefni er fjallað ítarlega um og grunnatriði ónæmisfræði.

Vefjafræði er stutt námskeið sem kennt er í tengslum við námskeið í frumulíffræði. Námskeiðið er byggt upp sem verklegt námskeið með stoðfyrirlestrum og standa fyrirlestrar og verklegar æfingar yfir í 5-6 vikur. Verklegar æfingar byggja fyrst og fremst á skoðun vefjasýna undir ljóssmásjá. Mætingarskylda er í verklega tíma. Lokapróf er haldið tveimur vikum eftir síðasta fyrirlestur og byggir það á sýningu smásjármynda/smásjársneiða og svörum við spurningum tengdum þeim vefjum sem til sýnis eru hverju sinni.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu vefjaflokka og uppbyggingu helstu vefja innan hvers flokks fyrir sig, ásamt því að gera nemendur sjálfstæða í notkun smásjár við skoðun vefjasýna. Í fyrirlestrum er fjallað um eiginleika einstakra vefja, einkenni og starfssemi ólíkra frumugerða og eiginleika millifrumuefnis í vefjasértæku samhengi. Einnig er fjallað sérstaklega um undirbúning sýna.

Þroskunarfræði er fag sem tengir mörg helsu fagsvið líf- og læknavísindanna og hafa margar af mikilvægustu uppgötvunum um hlutverk og virkni sameinda og frumulíffræðilegra ferla komið úr þroskunarfræðilegum rannsóknum. Markmið námskeiðsins er að nemendur að öðlist góða yfirsýn yfir helstu viðfangsefni á fagsviði þroskunarfræði og þekkingu á grundvallaratriðum í þroskun ólíkra hópa hryggdýra og hryggleysingja, allt frá lífverunni í heild yfir í hlutverk sameinda í stjórn þroskunarferla.

Helstu viðfangsefni bóklegra tíma: Hlutverk þroskaferla. Saga þroskunarfræðinnar og aðferðafræði. Þroskaferlar hjá einfrumungum. Tímgun og erfðablöndun. Helstu þroskunarmynstur fjölfruma dýra. Mörkun og ákvörðun frumuþroskunarferla. Erfðatæknilegar aðferðir í þroskunarfræði. Stjórn genatjáningar, - þroskunargen. Mikilvægi samskipta milli fósturfrumna. Bygging kynfrumna, frjóvgun og virkjun eggs. Fyrstu stig fósturþroskunar hjá völdum hryggleysingjum. Mörkun fósturöxla og líkamshluta hjá ávaxtaflugunni með stigskiptri stýringu gena. Fyrstu stig fósturþroskunar og mörkun fósturöxla hjá froskdýrum, fuglum og spendýrum. Afleiður fósturlaga og myndun líffæra hjá hryggdýrum. Þroskun tauga- og æðakerfis. Myndun útlima ferfætlinga. Kynákvörðun, kynþroski og myndun kynfrumna meðal hryggleysingja og hryggdýra. Þroskaferlar plantna. Þróun stýrikerfa þroskunar. Hagnýt þroskunarfræði.

Í verklegum æfingum er markmið námskeiðsins að nemendur öðlist þjálfun og færni í vinnu með smásæjan efnivið og smásjárgreiningu fóstra og styrki þekkingu sína á helstu þroskunarviðburðum og fósturhlutum ólíkra hópa. Jafnframt er lögð áhersla á að nemendur kynnist og fái æfingu í notkun gagnagrunna á sviði þroskunarerfðafræði og erfðafræði.

Æfingar: Notkun gagnagrunna og erfðamengisvafra; fósturþroskun og myndbreyting ávaxtaflugu; þroskun sebrafiska; þroskun hænufóstra.

Nemendaverkefni: Nemendur halda tvær kynningar og undirbúa kynningarefni um viðfangsefni sem tengist námskeiðinu. Hvor þeirra gildir 10% af heildareinkunn og er lágmarkseinkunnar (5,0) er krafist fyrir báðar kynningar.

Þróunarfræði: Darwin og þróun þróunarkenningarinnar.  Tré lífsins. Náttúrulegt val og aðlögun. Vélvirki þróunarinnar: Erfðabreytileiki sem hráefni þróunar og tilurð hans. Erfðafræði náttúrlegs val.   Þróun svipfarseiginleika. Hending í þróun og aðgreining stofna.Tegundir og tegundamyndun. Afleiðingar þróunar: Kynæxlun, Þróun lífsöguþátta. Barátta og samvinna. Samþróun meðal tegunda. Þróun gena og erfðamengja. Þróun og þroskun. Stórþróun og saga lífsins: Flokkun og þróunarsaga. Þróun og jarðsaga.  Landafræði þróunar. Þróun fjölbreytileika lífvera. Þróun fyrir ofan stig tegunda. Þróun manns og samfélag manns.

Fyrirlestrar: Innra umhverfi, himnuspenna, taugafruman, taugakerfi, hormónakerfi, skynjun, vöðvar, blóðrás, öndun, útskilnaður, vatnsbúskapur, melting, orkubúskapur, efnaskipti, æxlun. 

Verklegar æfingar: 1) Himnuspenna og boðefni. 2) Taug/beinagrindarvöðvi. 3) Viðbrögð líkamans við áreynslu.
Önnur verkefni: Áfangapróf verða lögð fyrir á misserinu og verkefni, eins og nánar er tilgreint í kennsluáætlun í upphafi námskeiðs.

Helstu lykiltegundir lífvera í vistkerfum Íslands. Kynntar verða aðferðir við rannsóknir í vettvangsrannsóknum í vistfræði. Lögð er áhersla á færni í þekkja helstu tegundir í flóru og fánu landsins, auk greiningu gagna og samanburð við fræðilega þekkingu um vistfræði búsvæða.  

Vettvangsferðir byrja fyrir formlegt upphaf haustmisseris. Kennsla getur bæði farið fram á virkum dögum sem og um helgar. 

Allir nemendur verða að mæta í námsferð og skila dagbók til að geta lokið námskeiðinu.

Plöntulífeðlisfræði fjallar um hvernig svipgerðir plantna verða til fyrir samspil umhverfis, þroskaástands, stjórnun erfðamengis, próteina og umbrotsefna, frumna og vefja, vistfræðilegs hlutverks og þróunarsögu. Námskeiðið samþættir fyrirlestra og umræður við vísindarit, vettvangsathuganir, tilraunir á rannsóknastofu, rannsóknir á lifandi plöntum og lífupplýsingafræði. Nemendur fylgjast með villigerðar- og stökkbreyttum Arabidopsis-plöntum í gegnum þroska, rannsaka Pinguicula og Honckenya á vettvangi á Íslandi og kanna sérhæfða starfsemi plantna með kjötætum plöntum á borð við Dionaea og Nepenthes. Viðfangsefni í erfðamengisfræði eru meðal annars bygging og skýring erfðamengja, genafjölskyldur, stjórnunarnet, fjöllitnun, færanlegir erfðaþættir, samraðaðar erfðamengissvæði, genatvöföldun og brottfall tvítekinna gena. Verkleg vinna felur í sér ræktun plantna, samanburðarlíffærafræði, lífeðlisfræðilegar og lífefnafræðilegar mælingar, svipgerðargreiningu á þroska og lífupplýsingafræðilega greiningu erfðamengja. Í öllu námskeiðinu er lögð áhersla á megindlegar athuganir, viðeigandi viðmið, tilraunahönnun, orsakahugsun, óvissu og að greina skýrt á milli beinna gagna og túlkunar við uppbyggingu samþættra skýringa frá erfðamengi til svipgerðar.

Meginmarkmið þessa námskeiðs er að kynna fyrir nemendum aðferðafræði á vettvangi, greiningu, náttúrusögu, kerfisfræði, þróun og vistfræði skordýra og áttfætlna, dýr sem saman mynda langfjölbreyttasta hóp lífvera á jörð. Áhersla verður á kerfisfræði í sinni víðustu merkingu, ræðum líffræðilegan fjölbreytileika, víddir hans og mælingar,  og hvernig við lærum um tengsl lífvera og uppgötvum nýar tegundir (skyldleikagreining og flokkunarfræði).  Á námskeiðinu er allir helstu hópar skordýra og áttfætlna (aðallega köngulær) kynntir. 

Nemendafyrirlestrar: Hver nemandi flytur fyrirlestur um nýjungar í skordýrafræði.

Æfingar: Lögð er áhersla á vettvangsferðir í byrjun annar, þarsem nemendur safna skordýrum og áttfætlum út í náttúrunni með ýmsum aðferðum. Þegar hægir á dýralífinu með haustinu færist verkleg kennsla inná rannsóknarstofuna. Þar munu nemendur eingöngu vinna með eignin dýr, og læra að greina þau og búa um þau eins og gert væri á náttúrugripasafni. Lokaverkefni í verklegu eru skil á skordýra- og áttfætlusafni hvers og eins nemenda. Verklegt próf verður í greiningu dýra.

Próf samtals 60% af einkunn, nemendafyrirlestrar 10%, verklegt próf 10% og skordýrasafn 20% af heildareinkunn.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Fyrirlestrar: Erfðaháttur og ættartré. Skipulag erfðaefnis mannsins. Litningar, litningabreytingar, litningagallar. Staðsetning gena. Sambandsgreining /Tölfræðileg nálgun. Erfðagreining. Flóknir erfðagallar, erfðir og umhverfi. Erfðir og krabbamein. Genalækningar. Þróun mannsins og skyldra tegunda. Siðferðileg efni tengd mannerfðafræði, upplýst samþykki og persónuupplýsingar. Gert er ráð fyrir að nemendur hafi almenna undirstöðu í erfðafræði.

Verklegt: Túlkun gagna úr erfðagreiningingum, unnið með tjáningargögn, greining gagna úr litningalitunum, unnið með gögn úr kortlagningu á erfðaþáttum.

Landnýting. Ólífrænar auðlindir, nýting og umhverfisáhrif. Sjálfbær þróun. Líffræðileg fjölbreytni í tíma og rúmi. Eyðing búsvæða, útdauði og válistar. Ágengar tegundir. Jarðvegur og eyðimerkurmyndun. Verndun landslags og víðerna. Siðfræði og saga náttúruverndar, íslensk náttúruverndarlöggjöf. Hagnýting vistfræðilegrar þekkingar til að leysa umhverfisvandamál, vistheimt, mat á umhverfisáhrifum framkvæmda, rammaáætlun um vernd og nýtingu náttúrusvæða. Hnattrænar loftslagsbreytingar. Ein dagsferð á laugardegi í september. Nemendafyrirlestrar.

Námskeiðið skiptist í fyrirlestra, verklegar æfingar, umræður og nemendaverkefni.

Fyrirlestrar: Fræðilegur bakgrunnur helstu aðferða sameindalíffræðinnar og notkun þeirra við rannsóknir. Helstu tilraunalífverur og erfðatæknilegar aðferðir við notkun þeirra kynnt. 
Námsefni er lagt fram af kennurum. 

Verklegar æfingar: Í námskeiðinu er höfuðáhersla á þjálfun í verklegum vinnubrögðum á rannsóknastofum í sameindalíffræði og virkri notkun vinnubókar.

Umræðutímar tengjast fyrirlestrum, verklegum æfingum og nemendaverkefnum.

Helstu efnisatriði námskeiðs:  Vinnubækur og vinnuseðlar, rafræn tól. Grunnatriði DNA vinnu og DNA klónunar. Plasmíð og plasmíðkort, vinna með DNA raðir. Grunnatriði vinnu með E. coli og plasmíð. Grunnatriði frumuræktunar og genaleiðslu í frumur. Tilraunalífverurnar E.coli, S. cerevisiae, A. thaliana, D. rerio, C. elegans, D. melanogaster og M. musculus. Genaferjun og önnur erfðatækni í bakteríum, sveppum og fjölfrumungu. CRISPR tækni og hönnun gRNA. RNAi og fleiri aðferðir til genabælingar og skilyrtrar genatjáningar. Flúrprótein og önnur próteinmerki og vísigen. Einangrun og greining á DNA og RNA, Southern og Northern blettun, PCR, qPCR, skerðiensím, raðgreining á DNA, gagnavinnsla og greining. Sértæk greining próteina með mótefnum. Framleiðsla og notkun mótefna - western blettun, ónæmislitun fruma og vefja. Notkun smásjár í sameindalíffræði.  Aðferðafræði í nýlegum vísindagreinum.

Nemendaverkefni: Fjallað um nýlega aðferð eða aðferðahóp. Fyrirkomulag breytilegt frá ári til árs en miðar að því að þjálfa nemendur í heimildavinnu og miðlun vísindalegs efnis á fjölbreyttan hátt. Dæmi um framsetningu: Veggspjöld, ritgerðir, fyrirlestrar, myndbönd, vefsíður, hlaðvörp.

Yfirlit yfir breytileika fisktegunda, aðlagana  þeirra og áhrif vistkerfa á stofnstærð þeirra. Verkleg þjálfun verður bæði úti á vettvangi og á rannsóknarstofu. Meginatriði sem verður farið í eru: Flokkun fiska; bygging, líffæri og lykilaðlaganir að lífi í sjó og vatni; Áhrif umhverfis á dreifingu og fjölda fiska; Stofngerð og aðgreining innan samfélaga; Þættir sem stjórna dreifingu, fari, fjölda og aldurssamsetningu fiskistofna; Meginhópar sjávar og  ferskvatnsfiska á norðurhveli.

Markmið námskeiðsins er að þjálfa nemendur í sjálfstæðum vinnubrögðum við rannsóknir og að kynna fyrir þeim hagnýt viðfangsefni er tengjast örverum. Námskeiðið er þrískipt. Í fyrsta hlutanum, viku 1-5, kynnast nemendur lífríki hverasvæða og vinna rannsóknarverkefni. Þeir munu safna sýnum og vinna sjálfstætt að einangrun, greiningu og lýsingu á bakteríustofnum.

Í öðrum hluta námskeiðsins verður fjallað um ýmis sérsvið líftækni og hvernig þau mótast vegna framfara og aukinnar þekkingar í örverufræði, erfðatækni og lífefnafræði. Tekið verður mið af íslenskum líftæknirannsóknum og farið í nýjungar í líftæknilegri aðferðafræði á eftirfarandi sviðum: Fjölbreytileiki og framleiðsla lífefna í örverum; skimunartækni (bioprospecting); hitkærar örverur, sjávarbakteríur og örþörungar, lífmassanýting (áhersla á þang og plöntulífmassa), lífmassaver (biorefineries), ensímtækni (fjölsykrusundrandi- og sykruumbreytingar-ensím), efnaskiptaverkfræði (erfðatækni, erfðamengjafræði; endurhönnun og betrumbætur efnaskiptaferla með erfðatækni), orkulíftækni (hönnun og endurbætur gerjunarferla með erfðatækni). Ræktunartækni og gersveppur sem framleiðslulífvera verða kynnt sérstaklega í verklegum tímum við bruggun á bjór.

Í þriðja hluta námskeiðsins er lögð áhersla á umhverfisörverufræði, sýnatökur, örverusamfélög og örveruþekjur, örverur í sjó, vatni og á þurru landi, loftgæði innanhúss og áhrif sveppa. Fjallað verður um sýkla í umhverfinu, áhættumat og eftirlit, líffræðilega hreinsun með hjálp örvera, metanframleiðslu og hlýnun jarðar. Farið verður í vettvangsferðir í sorphreinsistöðvar og skólphreinsistöðvar. Nemendur lesa og kynna efni sérvalinna rannsóknargreina í umræðutímum.

Fyrir utan kennslu á stundaskrá er gert ráð fyrir kennslu einn laugardag nálægt mánaðamótum september/október.

Megináhersla námskeiðs er á einkenni lífverusamfélaga ferskvatnsvistkerfa og ólíkar gerðir þeirra. Fjallað verður um þætti sem móta samfélögin, með áherslu á efnafræðilega, eðlisfræðilega, vistfræðilega og þróunarfræðilega ferla. Kynnt verður efna- og eðlisfræði ferskvatns og tengsl þeirra við eiginleika vistkerfi vatna og áa, orkuflæði og næringarefnahringrásir. Helstu gerðir ferskvatnsvistkerfa verða ræddar, einkenni, flokkun og virkni. Áhersla verður á lífverur, stofna, samfélög og fæðuvefi í ferskvötnum sem og aðlögun lífvera að vatnalífi. Sérstaklega verður fjallað um íslensk ferskvatnsvistkerfi en erlend dæmi verða einnig krufin. Fjallað verður um umhverfisógnir sem steðja að ferskvatni; nýtingu, umgengni og verndun ferskvatnvistkerfa, sérstaklega vegna áhrifa mannsins. Þar með talið veiðar, ræktun og fiskeldi, og röskun ferskvatnskerfa vegna vatnsaflsvirkjana, mengunar og loftslagsbreytinga. Farin verður í feltferðir í ár, vötn og lindir, og þau könnuð m.a. með tilliti til rennslishátta, dýpis, lífríkis og mögulegra álagsþátta. Tekin verða sýni til skoðunar í rannsóknastofu og einfaldar mælingar gerðar.

Nemandi getur að fengnu samþykki námsbrautar fengið 2 e fyrir fyrirlestur eða veggspjald, sem hann er fyrsti höfundur að, og er framlag hans á vísindalegri ráðstefnu sem hann sækir.

Eingöngu er hægt að fá metið veggpjald eða fyrirlestur einu sinni á námsferli í BS og MS námi.

Fyrri hluti námskeiðsins byggir að stærstum hluta á fyrirlestrum nemenda. Nemendur munu velja viðfangsefni í fyrsta tíma námskeiðsins, lesa vísindagreinar því tengdu (sem kennari útdeilir) og flytja um það fyrirlestur. Áhersla verður lögð á sameindalíffræði veira og veirusýkinga. Nemendur skrifa að auki stutta samantekt um efni fyrirlestrar.

Í seinni hluta námskeiðsins, lotum 2-4, tekur við kennsla um ólíka sýklahópa. Fjallað verður um sveppi og sníkjudýr, bakteríusýkla og bakteríusjúkdóma, veirur og veirusjúkdóma. Fyrir hvern sýklahóp verður farið yfir helstu sjúkdómsvalda er sýkja menn, náttúruleg heimkynni þeirra og smitleiðir. Einnig um smitsjúkdóma af þeirra völdum, einkenni, greiningu, meðferð og fyrirbyggjandi aðgerðir. Á námskeiðsvef og glærum kennara kemur fram nákvæm útlistun á því efni sem nemendur eiga að tileinka sér. Boðið verður upp á fjölmörg æfingapróf sem nemendur geta spreytt sig á og umræðufund í lok námskeiðsins Þessi yfirferð er sameiginleg með námskeiði fyrir nemendur í hjúkrunarfræði (LÍF110G).  

Tölulegar aðferðir eru nauðsynlegur hluti margra greina líffræðinnar og nýtast við högun tilrauna og athugana, samantekt niðurstaðna og greiningu þeirra.

Nemendur læra þessar aðferðir og meðhöndla fjölbreytt gögn úr líffræði, auk þess að fá þjálfun í að túlka niðurstöður mismunandi aðferða.

Helstu aðferðir eru sennileikamat, línuleg líkön, aðhvarf og fervikagreining og alhæfð línuleg líkön til að greina talningar. Fjölbreytugreining. Endursýnataka (skóþvengur og umröðunarpróf). Kennt verður að nota tölfræðiforritið R til að framkvæma þær aðferðir sem fjallað er í fyrirlestrum. Nemendur leysa verkefni sem byggja á líffræðilegum rannsóknum og fá ítarlega þjálfun í notkun R.

Námsmat: Verkefni 30% og skriflegt próf 70%.Nemandi þarf að ná lágmarkseinkunn í báðum prófþáttum.

Ónæmiskerfið, líffæri og frumur. Ósérhæfðar varnir, átfrumur, kompliment, bólgusvör. Sérhæfðar varnir, þroskun og sérhæfing eitilfruma. Sértækni og greining eitilfrumna, starfsemi B- og T-frumna. Ónæmissvör, ónæmisminni, slímhúðarónæmi. Sjálfsþol og stjórnun ónæmissvara. Ónæmisbilanir, ofnæmi, sjálfsofnæmi og líffæraflutningar. Meðferð sjálfsofnæmis- og ofnæmissjúkdóma. Bólusetningar og varnir gegn smitsjúkdómum. Ónæmisfræðilegar greiningaraðferðir. Nemendafyrirlestrar um valdar vísindagreinar og umræður undir leiðsögn kennara.

Skyldunámskeið fyrir næringarfræðinema.

Lesnámskeið á framhaldsstigi um líflandafræði.

Innihald: Námskeiðið fjallar um landfræðilega dreifingu lífvera í tíma og rúmi, en því tengist fjölda annarra fræðigreina. Markmið námskeiðsins er að gefa nemendum innsýn í sögu tilgátna og hugmynda sem mótað hafa nútíma rannsóknir í líflandafræði. Í framhaldi af því verður farið í meginrannsóknir sem eru nú í gangi, með því að greina sérstakar undirgreinar líflandafræðinnar og tilgátur sem drífa áfram núverandi rannsóknir. Grunnskilningur á mynstrum í dreifingu lífvera og hvernig þau hafa mótast, viðhaldist eða breyst, er sérstaklega milkilvægur í dag í ljósi loftslagsbreytinga sem munu halda áfram að móta dreifingu lífvera.

Kennslufyrirkomulag og aðferðir: Kennari og nemendur leiða umræður um bókakafla
og vísindagreinar valdar af kennara.

Námsmat: Þátttaka og mæting 50%, stj́órn umræðu 50%

Markmið námskeiðsins er að efla þekkingu nemenda á grundvallarþáttum náttúruverndar, og hlutverki stjórnunar og skipulags í náttúruvernd hér á landi með tilliti til ferðamennsku innan friðlýstra svæða. Áhersla verður lögð á samspil verndunar og ferðamennsku, með sérstakri áherslu á líffræðilega og jarðfræðilega fjölbreytni. Farið yfir helstu álitamál um landnýtingu og náttúruvernd, sem og helstu ákvæði friðlýsingar og náttúruverndarlaga. Jafnframt verður skipulag ferðamennsku innan friðlýstra svæða rædd ásamt öryggismálum ferðamannastaða í náttúru Íslands. Kennd verða grundvallaratriði umhverfistúlkunar og leiðsagnar um náttúrusvæði. Nemendur munu enn fremur fá hagnýta reynslu í umhverfistúlkun og landvörslu og þar með talið móttöku gesta og þjónustuhlutverk landvarða.

Farnar verða fjórar vettvangsferðir á námskeiðstímanum. Ferðir og uppihald kosta nemendur sjálfir. Til að ljúka námskeiðinu þurfa nemendur að mæta í allar ferðirnar.

Námskeiðið er unnið í samvinnu við Umhverfisstofnun. Lokapróf í námskeiðinu, ásamt BS prófi í jarðfræði, líffræði, landfræði eða ferðamálafræði, veitir starfsréttindi Umhverfisstofnunar sem landvörður.

Námskeiðið fjallar um sníkjudýr dýra og samskipti hýsils og sníkjudýra í vistfræðilegu samhengi. Í fyrri hluta námskeiðsins (vikum 1 til 6) verða nemendur kynntir helstu hópar sníkjudýra með áherslu á: (1) form og virkni; (2) þróun; (3) almenna lífsferla; (4) líffræðileguan fjölbreytileika; (5) og þróunarfræðileg tengsl og flokkunarfræði. Í seinni hluta námskeiðsins (vikum 7 til 14) verður sjónum beint að vistfræði og þróun víxlverkana hýsils og sníkjudýra, áhrifum sníkjudýra á hýsila sína og vistkerfi, og hvernig sníkjudýr aðlagast breyttu umhverfi.

Fyrirlestrar (4 x 40 mínútur á viku) verða úr efni kennslubókar og viðbótarheimildum og til viðbótar þeim vera umræðufundir (2 x 40 mínútur) þar sem farið verður í viðbótarefni úr kennslubókum og vísindagreinum.  Í hverri viku munu nemendur lesa 5 vísindagreinar og mun einn úr  hópnum kynna efni hverrar þeirra í stuttu máli (á 3-5 mínútum). Að því loknu verður efni greinarinnar rætt í u.þ.b. 10-15 mínútur.

Í verklegum hluta námskeiðsins verður sjónum beint að aðferðum í sníkjudýrafræði. Í vettvangsferð (helgarferð) munu nemendur safna sníkjudýrum og æfa mismunandi aðferðir eins og slím-, blóð- og saurstrok og litun sýna með aðstoð kennslumyndbanda. Í lok námskeiðs mun hver nemandi mun skila eigin smásjárglerjum og greiningum á sníkjudýrum í þeim og verður námsmat í lok annar að hluta til byggt á þeim.

Nemendum verða kynntar mikilvægar fræðigreinar í sníkjudýrafræði með ritgerðar- og málstofuverkefnum um valin efni sem bæta við það sem fjallað er um í fyrirlestrum. Mástofan og ritgerðarvinnan mun miða að því að efla gagnrýna hugsun og skilning á heildarsamhengi viðfangefnanna.

Í námskeiðinu verður fjallað um uppbyggingu og virkni sjávar- og vatnavistkerfa. Auk þess verður áhersla á haffræði, eðlis- og efnafræði sjávar og vatna, einkenni búsvæða og lífríkis á norðlægum breiddargráðum, næringarefnaferla, fæðukeðjur, líffræðilega fjölbreytni, samfélagsvistfræði og búsvæðanýtingu. Farið verður yfir nýtingu stofna í sjó og ferskvatni hérlendis. Feltferðir, verkefni og dæmatímar kynna nemendur fyrir vistkerfum sjávar, ferskvatns og fjörunnar. Verkefnin eru byggð upp með rannsóknaráherslum, út frá vísindalegum tilgátum, beitingu aðferða við öflun gagna og úrvinnslu. Nemendur rita einnig ritgerð um tiltekið efni innan fagsins og halda erindi um það fyrir kennara og samnemendur.

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.

Kennt á móti LÍF 606M og ráða skráningar hvort námskeiðið er kennt. Íslenska háplöntuflóran; samsetning, fjölbreytni, staða í flóruríki jarðar. Heimskautaflóran: uppruni, kerfisfræði, vistfræði. Líflandafræði flórunnar við Norður Atlantshaf. Ísöld á norðurhveli, ísaldarlok á Íslandi og í Evrópu og gróðursaga á nútíma. Tilgátur um aldur og uppruna íslensku flórunnar og heimskautaflóru á norðurhveli. Íslenskur jarðvegur; myndun, sérkenni, eyðimerkurmyndun. Gróðurbreytingar eftir landnám. Flóra Íslands og útbreiðsla um landið, búsvæði og líffræðileg fjölbreytni. Válistategundir. Aðferðir til að lýsa og flokka gróður. Íslensk gróðurlendi: flokkun, útbreiðsla, umhverfi og nýting. Verkleg kennsla fer að hluta til fram að sumari til: 4 daga sumarnámskeið.

Skipulag er í höndum umsjónarkennara og stúdenta. Námsferð til útlanda í 2 vikur til að kynnast náttúrufari og lífríki hitabeltisregnskóga, leiruskóga og kóralrifja. Innan misseris eru 20 fyrirlestrar tengdir ferðinni. Heimsóknir í vísindastofnanir. Nemendur fá verkefni til úrlausnar í ferðinni og skila skýrslum. Skylt er að skila skýrslu en hvorki er haldið próf né gefin einkunn.

Fyrirlestrar: Flokkun, bygging og starfsemi fugla. Fæða, varphættir, far, útbreiðsla, fuglafána Íslands. Stofnvistfræði fugla. Nýting og vernd. Æfingar: Kynning á helstu ættum, ákvörðun tegunda. Aðferðir við rannsóknir á líkamsástandi og fæðu. Skoðunarferðir um Suðvesturland til kynningar á tegundum og umhverfi. Ferðirnar eru á kennslumisseri og eftir próftíma í maí. Kynning á aðferðum: Útbreiðsla og búsvæði, talningar, varphættir, atferli, merkingar.

Markmið námskeiðsins er að kynna nemendum helstu mengandi efni, gerð þeirra, umfang og dreifingu, og sérstök áhersla verður á áhrif þeirra á lífverur. Í fyrsta hluta námskeiðsins verður fjallað um helstu efnaflokka (þungmálma, þrávirk efnasambönd, PAH efni, TBT og geislavirk efni), eiginleika efnanna (vatnsleysanleika, fitubindingu, o.fl.), útbreiðslu á norðurslóðum og dreifingu. Rætt verður um leiðir mengandi efna inn í lífverur og fjallað um uppsöfnun og mögnun í lífverum. Annar hluti námskeiðsins fjallar um áhrif mengandi efna á samfélög, tegundir, stofna og einstaklinga. Rætt verður um áhrif á fjölbreytileika og útbreiðslu tegunda. Fjallað verður um lífeðlisfræðileg áhrif mengunar (t.d. áhrif á öndun og vaxtarrými), lífefnafræðileg áhrif (t.d. hvötun cytochrome P450, hvötun á metallothionein próteinum, myndun á vitellogenin, áhrif á stöðugleika leysikorna), auk áhrifa á vefgerð, æxlamyndun, vansköpun og áhrif á erfðaefni (DNA viðbætur). Í þriðja hluta námskeiðsins verður fjallað um mengun á og við Ísland. Verklegar æfingar samanstanda af þremur til fjórum stórum sjálfstæðum verkefnum, sem gilda 20% af einkunn og verða unnin í striklotu.

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Erfðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjáningar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Erfðamengjafræði og lífupplýsingafræði samþættast á margvíslega vegu. Erfðatækni opnaði möguleika á raðgreiningu erfðamengja, greiningum á tjáningar- og prótínmengjum. Með raðgreiningum á erfðamengjum þúsundum lífvera opnast möguleikar á að nýta upplýsingarnar til að öðlast þekkingu og skilning á líffræðilegum fyrirbærum. Samanburðaraðferð þróunarkenningar Darwins er fræðilegur grundvöllur fyrir greiningar á slíkum upplýsingum. Sameiginlegir eiginleikar varðveittir í mismunandi lífverum eiga sér grunn í varðveittum hlutum erfðamengja. Að sama skapi liggja rætur nýjunga í svipfari oft í hlutum erfðamengja sem eru mismunandi á milli tegunda. Það á jafnt við um eiginleika dýra, plantna, örvera og fruma, þroskunar og ensímkerfa.

Námskeiðið fjallar um hugmyndafræði og aðferðafræði til samanburðar, um greiningu erfðamengja einstakra lífvera (genomics), umhverfiserfðamengja (metagenomics) og tjáningarmengja (transcriptome) til að svara líffræðilegum, læknisfræðilegum og hagnýtum spurningum. Fyrirlestrar verða um, byggingu og raðgreiningu erfða-, tjáningar- og prótínmengja, sameindaþróun, ólíkar gerðir lífupplýsinga, gagnagrunna, skeljaforrit, inngang að python og R umhverfinu, keyrslu forrita og breytingar á þeim. Æfingar: Sækja gögn í gagnagrunna, Blast, samraðanir og pússlun mengja, samanburður erfðamengja tegunda og greining erfðabreytileika innan tegunda. Unnið verður með gagnagrunna, m.a. flybase, Genebank, ENSEMBL og E.coli. Gögn verða sótt með Biomart og Bioconductor, og fjallað um áreiðanleika gagna í gagnagrunnum. Kynnt verða algrímar er liggja til grundvallar leitar-forrita og forrit kynnt sem hægt er að keyra yfir vefinn, grunnatriði Python-forritunar, opinn hugbúnaður á UNIX/Linux, uppsetning hugbúnaðar af vefnum á eigin tölvum. Greining gagna úr RNA-seq, RADseq og heilraðgreiningum.

Nemendur vinna smærri og stærri verkefni og skila, og kynna munnlega niðurstöður úr stóra verkefninu. Í umræðufundum verða frumheimildir ræddar.

Fjallað verður um eftirfarandi efni:

Fæðuvefir og samfélög landvistkerfa bæði ofanjarðar og neðan. Hlutverk lífvera og annarra þátta við mótun búsvæða á landi. Samband líffræðilegrar fjölbreytni og vistkerfisferla, m.a. frumframleiðslu og hringrás næringarefna. Áhrif einstakra lífveruhópa og eiginleika þeirra, einkum plantna og grasbíta, á vistkerfisferla, stöðugleika og þanþol vistkerfa. Áhrif loftslagsbreytinga og landnýtingar á vistkerfi, með áherslu á norðurslóðir. Sérstaða íslenskara vistkerfa. Endurheimt hruninna og hnignaðra vistkerfa. Helstu aðferðir við rannsóknir á landvistkerfum.

• Séreinkenni spendýra
• Megináhersla er lögð á íslensk og önnur norræn spendýr
• Aðlögun og sérhæfing
• Orkubúskapur
• Samkeppni
• Heimasvæði og óðul
• Stofnstærð og stofnsveiflur
• Aðferðir við stofnstærðarmat: a) Talningar, b) Merkingar og endurheimtur, c) Aldursgreiningar og veiði

Stúdentum á þriðja ári er gefinn kostur á að vinna að 10 - 15 eininga rannsóknarverkefni undir leiðsögn kennara við námsbrautina. Fjöldi verkefna sem eru í boði hverju sinni er takmarkaður og þurfa nemendur sjálfir að hafa samband við mögulega leiðbeinendur við val verkefnis. Leyfilegt er að vinna verkefni með leiðsögn stundakennara og skal þá tilgreina ábyrgðarmann úr röðum kennara við námsbrautina og senda námsbrautarstjóra lýsingu á fyrirhuguðu verkefni til samþykktar. Markmið verkefnisins er að nemandi öðlist færni í rannsóknum á því sérsviði líffræðinnar sem verkefnið fjallar um, geti aflað grunngagna, greint þau og gert grein fyrir niðurstöðum. Vinnu að verkefninu lýkur með ritgerðarsmíð sem kennari/ábyrgðarmaður gefur einkunn fyrir. Fylgja skal reglum Líf- og umhverfisvísindadeildar um skil og frágang rannsóknarritgerða.

Upplýsingar um skil á verkefni
Skil eru í maí fyrir júníbrautskráningu
Skil eru í september fyrir októberbrautskráningu
Skil eru í janúar fyrir febrúarbrautskráningu

Í upphafi misseris koma nemandi og leiðbeinandi sér upp tímalínu um skil á verkefni

Skil á fullbúnu verkefni til leiðbeinanda/umsjónarkennara er 10. maí/ september/ janúar

Skil nemanda inn á Skemmu eru í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar og senda þarf staðfestingu um samþykkt skil á nemvon@hi.is

Einkunn frá leiðbeinanda/námsbrautarformanni á að hafa borist skrifstofu í síðasta lagi 30. maí/ september/ janúar

4 ECTS 8-day summer school course -Ecology and Evolution of Aquatic Parasite

Do you want to learn how to use AI to analyse images and increase automation in biological monitoring? Join us on this course to learn about Analysing image data harnessing AI – A case studies of seabirds, penguins and seals monitoring.

How far can this take you with your own research? The world is changing and monitoring techniques are too - both with emerging technologies and new strategies such as citizen science. At the same time, artificial intelligence (AI) is resulting in our ability to analyse large data sets in ways we were not able to before. To harness this new capability, it needs to be more widely understood and incorporated into data collection.

Seabirds and seals are both important components of the marine ecosystem in their own rights but also both act as important indicators as to the health of marine systems (or a sentinel species). We seek to monitor them as they are of direct interest (e.g., threatened species, disease vectors), and as they are an easily measured indicator for the health of a broader ecosystem (e.g., cliff nesting seabirds like kittiwakes or guillemots).

This summer school will show you how to harness the power of AI, citizen science and new monitoring techniques including drones and camera traps as well as how to best analyse those datasets. The whole point is to go beyond what you would be comfortable with in either analysis or scale. It will be a challenging and rewarding time!

About the course

We have arranged an 8-day summer school course for 4 ECTS (credits) in Reykjavík, Iceland. Dates for this course are May 18^th to 29^th, 2026. Led by visiting scientists Dr Tom Hart (Oxford Brookes University), Dr Maria Christodoulou (University of Oxford) and Dr Liliana Schoenberger (Royal Haskoning DHV), in collaboration with the University of Iceland, this course will feature lectures, tutorials using case studies on seabirds and seals, engaging discussions on the state of AI in biology research, as well as hands-on field work to acquire the data to analyse during the course.