Markmið doktorsnáms í Háskóla Íslands er að veita doktorsnemum vísindalega þjálfun og búa þá undir vísindastörf, meðal annars háskólakennslu eða sérfræðingsstörf við rannsóknastofnanir sem og önnur ábyrgðarmikil störf í samfélaginu.
Lögð er rík áhersla á að nám sé í samræmi við alþjóðlega viðurkenndar gæðakröfur og skólinn starfrækir formlegt gæðakerfi sem tekur til allra þátta starfseminnar.