Almenn aðferðafræði í rannsóknum fyrir meistara- og doktorsnema - Hluti 1 (LÆK106F)

Námskeiðið er kennt í fjórum hlutum, sjá yfirlit hér að neðan. Hver hluti er 2ECTS einingar. Nemendur eru hvattir til að velja þá hluta sem henta best þeirra markmiðum. Meistaranemar skulu að lágmarki ljúka þremur hlutum (6ECTS) en doktorsnemar að lágmarki tveimur hlutum (4ECTS).

Hver hluti inniheldur fjóra fyrirlestra / umræðutíma ásamt verkefnum. Kennsla fer að mestu fram á ensku.

Hluti 1 (LÆK106F, 2ECTS)

• Skrif og lestur vísindagreina. Kynningar á ráðstefnum.
• Heimildaleit og utanumhald heimilda.
• Almennt um vísindalega aðferð.
• Hvernig á að setja upp rannsóknarverkefni.

Hluti 2 (LÆK0ALF, 2ECTS)

• Vísindaheimspeki.
• Vísindasiðfræði.
• Vísindi, samfélag og fjölmiðlar.
• Óheiðarleiki í vísindum.

Hluti 3 (LÆK0AMF, 2ECTS)

• Meðhöndlun gagna og gagnaöryggi.
• Styrkumsóknir.
• Leyfisumsóknir (rannsóknir á mönnum).
• Dýratilraunir.

Hluti 4 (LÆK0ANF, 2ECTS)

• Gerð ferilsskrár.
• Verkefnastjórnun.
• Gerð áætlunar fyrir næsta ár.
• Samband nemenda og leiðbeinenda.

Almenn aðferðafræði í rannsóknum fyrir meistara- og doktorsnema - Hluti 2 (LÆK0ALF)

Námskeiðið er kennt í fjórum hlutum, sjá yfirlit hér að neðan. Hver hluti er 2ECTS einingar. Nemendur eru hvattir til að velja þá hluta sem henta best þeirra markmiðum. Meistaranemar skulu að lágmarki ljúka þremur hlutum (6ECTS) en doktorsnemar að lágmarki tveimur hlutum (4ECTS).

Hver hluti inniheldur fjóra fyrirlestra / umræðutíma ásamt verkefnum. Kennsla fer að mestu fram á ensku.

Hluti 1 (LÆK106F, 2ECTS)

• Skrif og lestur vísindagreina. Kynningar á ráðstefnum.
• Heimildaleit og utanumhald heimilda.
• Almennt um vísindalega aðferð.
• Hvernig á að setja upp rannsóknarverkefni.

Hluti 2 (LÆK0ALF, 2ECTS)

• Vísindaheimspeki.
• Vísindasiðfræði.
• Vísindi, samfélag og fjölmiðlar.
• Óheiðarleiki í vísindum.

Hluti 3 (LÆK0AMF, 2ECTS)

• Meðhöndlun gagna og gagnaöryggi.
• Styrkumsóknir.
• Leyfisumsóknir (rannsóknir á mönnum).
• Dýratilraunir.

Hluti 4 (LÆK0ANF, 2ECTS)

• Gerð ferilsskrár.
• Verkefnastjórnun.
• Gerð áætlunar fyrir næsta ár.
• Samband nemenda og leiðbeinenda.

Almenn aðferðafræði í rannsóknum fyrir meistara- og doktorsnema - Hluti 3 (LÆK0AMF)

Námskeiðið er kennt í fjórum hlutum, sjá yfirlit hér að neðan. Hver hluti er 2ECTS einingar. Nemendur eru hvattir til að velja þá hluta sem henta best þeirra markmiðum. Meistaranemar skulu að lágmarki ljúka þremur hlutum (6ECTS) en doktorsnemar að lágmarki tveimur hlutum (4ECTS).

Hver hluti inniheldur fjóra fyrirlestra / umræðutíma ásamt verkefnum. Kennsla fer að mestu fram á ensku.

Hluti 1 (LÆK106F, 2ECTS)

• Skrif og lestur vísindagreina. Kynningar á ráðstefnum.
• Heimildaleit og utanumhald heimilda.
• Almennt um vísindalega aðferð.
• Hvernig á að setja upp rannsóknarverkefni.

Hluti 2 (LÆK0ALF, 2ECTS)

• Vísindaheimspeki.
• Vísindasiðfræði.
• Vísindi, samfélag og fjölmiðlar.
• Óheiðarleiki í vísindum.

Hluti 3 (LÆK0AMF, 2ECTS)

• Meðhöndlun gagna og gagnaöryggi.
• Styrkumsóknir.
• Leyfisumsóknir (rannsóknir á mönnum).
• Dýratilraunir.

Hluti 4 (LÆK0ANF, 2ECTS)

• Gerð ferilsskrár.
• Verkefnastjórnun.
• Gerð áætlunar fyrir næsta ár.
• Samband nemenda og leiðbeinenda.

Almenn aðferðafræði í rannsóknum fyrir meistara- og doktorsnema - Hluti 4 (LÆK0ANF)

Námskeiðið er kennt í fjórum hlutum, sjá yfirlit hér að neðan. Hver hluti er 2ECTS einingar. Nemendur eru hvattir til að velja þá hluta sem henta best þeirra markmiðum. Meistaranemar skulu að lágmarki ljúka þremur hlutum (6ECTS) en doktorsnemar að lágmarki tveimur hlutum (4ECTS).

Hver hluti inniheldur fjóra fyrirlestra / umræðutíma ásamt verkefnum. Kennsla fer að mestu fram á ensku.

Hluti 1 (LÆK106F, 2ECTS)

• Skrif og lestur vísindagreina. Kynningar á ráðstefnum.
• Heimildaleit og utanumhald heimilda.
• Almennt um vísindalega aðferð.
• Hvernig á að setja upp rannsóknarverkefni.

Hluti 2 (LÆK0ALF, 2ECTS)

• Vísindaheimspeki.
• Vísindasiðfræði.
• Vísindi, samfélag og fjölmiðlar.
• Óheiðarleiki í vísindum.

Hluti 3 (LÆK0AMF, 2ECTS)

• Meðhöndlun gagna og gagnaöryggi.
• Styrkumsóknir.
• Leyfisumsóknir (rannsóknir á mönnum).
• Dýratilraunir.

Hluti 4 (LÆK0ANF, 2ECTS)

• Gerð ferilsskrár.
• Verkefnastjórnun.
• Gerð áætlunar fyrir næsta ár.
• Samband nemenda og leiðbeinenda.

Verkefni til meistaraprófs (LÆK441L)

Nám til meistaraprófs í læknadeild er 120 eininga framhaldsnám að loknu B.S. prófi frá Háskóla Íslands eða öðru samsvarandi prófi. Frestur til að sækja um innritun til meistaraprófs í læknadeild rennur út 15. apríl, fyrir skráningu á haustmisseri, og 15. október, fyrir skráningu á vormisseri. Umsækjandi sækir um innritun með leiðbeinanda sínum sem þarf að jafnaði að vera kennari í læknadeild. Umsóknum skal skilað til skrifstofu læknadeildar.

Aðferðir í greiningu kjarnsýra og lífupplýsingafræðileg greining (LÆK108F)

Í námskeiðinu verður ítarlega farið yfir mismunandi aðferðir í raðgreiningum og aðferðir til greiningar á lífupplýsingagögnum sem úr þeim fást, með áherslu á umritunar- og erfðamengjagreiningu. Nemendur munu læra um grundvallaratriði og hagnýta verkferla fyrir RNA-raðgreiningu, hvernig á að finna erfðabreytileika, að túlka gögn úr umframerfðamengjum og fá verklega reynslu í greiningu á gagnasettum úr háhraðaraðgreingu með nýjustu reikniaðferðum. Einnig verður farið yfir hvernig raðgreiningargögn eru notuð við klínískar greiningar. Sömuleiðis verður farið yfir greiningu safnerfðamengja og samsetningu erfðamengja úr safnerfðamengjagögnum.

Öryggisnámskeið fyrir rannsóknarstofur (LYF110G)

Farið er yfir helstu atriði sem tengjast öryggismálum á rannsóknarstofum eins og meðhöndlun efna, viðbrögð við óhöppum og efnamengun og viðbrögð við slysum. Í námskeiðinu eru nokkur stutt verkleg verkefni á rannsóknarstofunni og námskeiðið endar á eldvarnaræfingu.

Námskeiðið er ávallt haldið í byrjun annar, áður en almenn kennsla hefst.

Nauðsynlegt er að sækja námskeiðið til að fá leyfi til að taka þátt í verklegum æfingum á rannsóknarstofum. Mögulegt upptökunámskeið er í byrjun janúar, næsta misseri.

Líftölfræði I (LÝÐ105F)

Inngangur að hagnýtri líftölfræði í lífvísindum. Yfirlit er gefið yfir tegundir breyta; flokkabreytur, strjálar og samfelldar talnabreytur. Lýsandi tölfræði; lýsistærðir og myndræn framsetning gagna. Fræðilegar líkindadreifingar; tvíkostadreifing, Poisson dreifing og normaldreifing. Skilgreiningar á slembiúrtaki og þýði. Dreifingar lýsistærða. Notkun á öryggisbilum og tilgátuprófum. Samanburður á meðalgildi hópa (samfelldar mælingar). Tölfræðipróf fyrir tíðnitöflur (flokkabreytur). Einföld og lógistísk aðhvarfsgreining og ROC greining. Lifunargreining með aðferð Kaplan Meier og Cox. Í fyrirlestrum og dæmatímunum verður notast við tölfræðiforritið R og RStudio umhverfið.

Tilraunadýranámskeið FELASA A/B/D (LÆK0AHF)

Námskeiðið er á vegum Læknadeildar Háskóla Íslands og er haldið úti af Kaupmannahafnarháskóla en það er rekið í samstarfi Tilraunastöðvar HÍ í meinafræði að Keldum, Lífvísindaseturs, Matvæla­stofnunar og ArcticLAS.

Aðrar upplýsingar:

Grunnkröfur eru framhaldsnám til MSc eða PhD prófs í lífvísindum og grunnmenntun sem felur í sér lífeðlisfræði og líffærafræði. Einnig er æskilegt að nemendur hafi þekkingu á atferlisfræði og/eða lyfjafræði.

Námskeiðið er eingöngu ætlað þeim sem vinna með tilraunadýr í sínum rannsóknum. Samkvæmt viðurkenndum hugmyndum og kröfum um dýravelferð er þess krafist að aðilar sem taka þátt í verklegum æfingum á tilraunadýrum muni nýta sér þá þjálfun í vinnu með tilraunadýr.

Fjöldatakmarkanir eru vegna verklegra æfinga en þátttakendur eru teknir inn í 5 manna hópum, að hámarki 15 manns.

Námskeiðinu lýkur með munnlegu prófi sem fer fram á fjarfundi gegnum netið milli hvers þátttakanda og kennara námskeiðsins við Kaupmannahafnarháskóla.

Til að öðlast FELASA A/B/D réttindi þarf bæði að standast prófið og verklega hluta námskeiðsins. Réttindin eru samkvæmt ESB tilskipun 2010/63/EU, grein 23.2. og fela í sér að viðkomandi geti skipulagt, borið ábyrgð á og framkvæmt leyfisskyldar tilraunir á dýrum.

Fræðilegur hluti námskeiðsins felst aðallega í rafrænum aðgangi að kennsluefni Kaupmannahafnarháskóla þar sem eru fyrirlestrar, myndbönd og sjálfspróf í efni námskeiðsins. Einnig er gefinn kostur á reglulegum málstofum á netinu þar sem nemendur geta átt samræður við kennara. Fyrirlestrar um íslenska löggjöf um notkun dýra í vísindaskyni eru haldnir á vegum Matvælastofnunar í kennslustofu HÍ.

Verklegi hluti námskeiðsins er haldinn hjá ArcticLAS, Krókhálsi 5d, 110 Reykjavík.

Meinalíffræði - hvernig sjúkdómar verða til - áhrif erfða og umhverfis (LÆK015F)

Í námskeiðinu er fjallað um hvaða líffræðilegar breytingar liggja að baki sjúklegu ástandi og hvaða þátt erfðir og/eða umhverfi eiga þar í. Námskeiðið er fyrst og fremst ætlað nemendum í framhaldsnámi í læknadeild sem ekki hafa lesið læknisfræði.  Fyrirlesarar flytja yfirlitserindi um valið efni innan þess efnisflokks sem nefndur er og velja síðan eina nýlega vísindagrein um skylt efni sem nemandi er fenginn til að kynna og gagnrýna. Greinum um hvert umfjöllunarefni er dreift til nemenda í upphafi námskeiðsins svo að allir geti komið undirbúnir og tekið þátt í umræðum.

Form: Tíu skipti, tvöfaldir tímar, fyrirlestur í fyrri tímanum og kynning nemanda á viðeigandi tímaritsgrein í þeim seinni.

Námskeiðið fer fram á ensku.

Hagnýt lífupplýsingafræði (LEI106F)

Hagnýt lífupplýsingafræði er verklegt námskeið í lífupplýsingafræði fyrir nemendur í framhaldsnámi líf- og læknavísindi. Nemendur læra að finna, greina og túlka sameindagögn (erfðamengi, erfðabreytileika, genatjáningu og byggingu prótína) með opinberum gagnagrunnum og endurtakanlegum vinnubókum (notebooks) sem keyra í vafra, án þess að kunna forritun fyrir. Áhersla er lögð á gögn sem eru rannsóknartengd, t.d. sameindalíffræðileg gögn: hvað gögnin þýða, hvernig nútímatól (þar á meðal gervigreindarlíkön) búa til spár sínar, og hvernig á að leggja gagnrýnið mat á þær niðurstöður. Námskeiðið byggir á hópverkefni þar sem nemendur greina líffræðilega spurningu og kynna niðurstöður sínar með kynningu og skriflegri skýrslu.

Almenn tölfræði fyrir meistara- og doktorsnema (LÆK101F)

Skyldunámskeið. Markmið námskeiðsins er að leggja grunn að almennri þekkingu og færni meistara- og doktorsnema í aðferðum vísinda. Farið er í lýsandi tölfræði, áhrifstölur, áreiðanleika og réttmæti, ályktunartölfræði, algengustu tölfræðipróf bæði stikabundin og óstikabundin og fjölþátta aðhvarfsgreiningar. Þá er nemendum kynnt tölfræðiúrvinnsla í tölvum í verklegum tímum.

Verkefni til meistaraprófs (LÆK441L)

Nám til meistaraprófs í læknadeild er 120 eininga framhaldsnám að loknu B.S. prófi frá Háskóla Íslands eða öðru samsvarandi prófi. Frestur til að sækja um innritun til meistaraprófs í læknadeild rennur út 15. apríl, fyrir skráningu á haustmisseri, og 15. október, fyrir skráningu á vormisseri. Umsækjandi sækir um innritun með leiðbeinanda sínum sem þarf að jafnaði að vera kennari í læknadeild. Umsóknum skal skilað til skrifstofu læknadeildar.

Öryggisnámskeið fyrir rannsóknarstofur (LYF207M)

Farið er yfir helstu atriði sem tengjast öryggismálum á rannsóknarstofum eins og meðhöndlun efna, viðbrögð við óhöppum og efnamengun og viðbrögð við slysum. Í námskeiðinu eru nokkur stutt verkleg verkefni á rannsóknarstofunni og námskeiðið endar á eldvarnaræfingu.

Námskeiðið er ávallt haldið í byrjun annar, áður en almenn kennsla hefst.

Nauðsynlegt er að sækja námskeiðið til að fá leyfi til að taka þátt í verklegum æfingum á rannsóknarstofum. Mögulegt upptökunámskeið er í byrjun janúar, næsta misseri.

Stofnfrumur og frumusérhæfing (LÆK028F)

Í námskeiðinu verður lögð áhersla á að kynna rannsóknir á hinum ýmsu gerðum stofnfruma, einkum með tilliti til frumusérhæfingar. Fjallað verður um vefjasérhæfðar stofnfrumur t.d. stofnfrumur í beinmerg, húð og í brjóstkirtli. Mikil áhersla verður lögð á stofnfrumur úr fósturvísum músa og manna og athugað hvernig unnt er að stýra sérhæfingu þeirra. Ræddir verða möguleikar á nýtingu stofnfruma til lækninga og einnig verður komið inn á siðfræði í tengslum við notkun fósturvísa til rannsókna.

Fjallað verður um valin efni á ofangreindu sviði í hvert skipti og verður ein vísindagrein rædd í þaula í hvert sinn. Kennarar munu halda erindi um almennan vísindalegan bakgrunn vísindagreinarinnar eða fræðasviðsins. Nemendur munu síðan kynna innihald einnar vísindagreinar hver. Ágætt er að hafa í huga eftirfarandi fjögur atriði við uppbyggingu fyrirlestrar: 1. Byrjið fyrirlesturinn á inngangi sem gefur áheyrendum almennar upplýsingar um efnið og aðdraganda þeirrar rannsóknar sem greinin fjallar um. 2. Gerið grein fyrir helstu markmiðum rannsóknarinnar og nefnið eða lýsið rannsóknaraðferðum í stórum dráttum. 3. Lýsið helstu tilraunum og niðurstöðum þeirra með því að sýna glærur úr greininni sjálfri. Útskýrið niðurstöðurnar. Markmiðið er að skilja hvernig tilraunin er hönnuð til þess að svara ákveðnum spurningum eða ná ákveðnum árangri. 4. Takið í stuttu máli saman heildarniðurstöður rannsóknarinnar og hvernig þær falla að fyrri hugmyndum um það fyrirbæri sem verið er að rannsaka. 5. Fjallið um galla tilraunarinnar og ræðið hvernig unnt væri að ná sama marki með öðrum aðferðum. Fjallið einnig um líkleg/eðlileg næstu spurningar/skref. Að lokum fer fram umræða um efnið. Að auki verða nemendur að velja nokkrar greinar um stofnfrumur á sínu áhugasviði og skrifa stutta ritgerð á ensku um efnið (4-6 bls.). Í lok námskeiðs verður stutt fyrirlestraröð og eiga nemendur að kynna sitt ritgerðarefni (7-10 mínútur).

Aðferðir í ónæmisfræði (LÆK071F)

Námskeiðið er ætlað nemendum í meistara og doktorsnámi í ónæmisfræði, frumu- og sameinalíffræði, lífefnafræði, lyfjafræði eða skyldum greinum. Í námskeiðinu verður farið yfir helstu aðferðir sem notaðar eru við rannsóknir á ónæmiskerfinu og starfsemi þess, s.s. mótefnagreinar (RIA, ELISA, gelútfellingar, mótefnaútfellingar, immunoadsorption, mótefnaþrykk), frumueinangrun (þéttnistigull/síun, viðloðun, FACS og MACS), virknipróf (frumufjölgun, T-frumuvirknipróf, B-frumuvirknipróf, átfrumupróf), boðefnamælingar (ELISPOT, ELISA, CBA, Luminex) og vefjalitanir (undirbúningur vefja, flúrskinslitun, ensímlitun).

Kennsla fer fram í formi yfirlitsfyrirlestra (3 x 3) og verklegra æfinga (3 x 8) sem verða haldnar á laugardögum eða þriðjudegi, miðvikudegi og fimmtudegi milli kl. 16-21.

Fyrirlestrar og leiðbeiningar í verklegu fara fram á ensku ef þess er þörf.

Líffræði krabbameina (LÆK092F)

Í námskeiðinu verður fjallað um hvaða líffræðilegar breytingar leiða til myndunar krabbameina og einkenna þau. Fyrirlesarar gefa yfirlitserindi um valið efni innan þess efnisflokks sem nefndur er og velja síðan eina nýlega vísindagrein um skylt efni sem nemandi er fenginn til að kynna og gagnrýna. Greinum um efnið verður dreift til nemenda í upphafi námskeiðs svo allir geti komið undirbúnir og tekið þátt í umræðum.

Efni fyrirlestra: Inngangur, krabbameinsvaldar, æxlisgen og æxlisbæligen, TP53, atburðarás krabbameinsmyndunar, forstig krabbameina, krabbameinsstofnfrumur, dýralíkön, litningaóstöðugleiki, genaóstöðugleiki, þróun krabbameina, sviperfðir/epigenetics.

Kennslutímar: Námskeiðið mun verða haldið sem 12 tveggja stunda tímar, fyrirlestur í fyrri tímanum og kynning nemanda á viðeigandi tímaritsgrein í þeim seinni.

Ónæmisfræði, grundvallarviðfangsefni (LÆK093F)

Námskeiðið er ætlað nemendum í meistara og doktorsnámi í ónæmisfræði, frumu- og sameindalíffræði, lífefnafræði, lyfjafræði eða skyldum greinum. Námskeiðið er skylda fyrir nemendur í meistara- og doktorsnámi í ónæmisfræðikjarna. Í námskeiðinu verður lögð áhersla á að kynna rannsóknir í ónæmisfræði og þá einkum m.t.t. nýjunga í grunnvísindum. Einnig verða kynntar rannsóknir í klínískri ónæmisfræði, s.s. ofnæmi, sjálfsofnæmi, krabbamein, ónæmisbilunum og líffæraflutningum, meingerð og nýjungum í meðferðarmöguleikum svo og rannsóknir og nýjungar í fyrirbyggjandi ónæmisaðgerðum, s.s. bólusetningum, og ýmsum meðferðarúrræðum, s.s. beinmergsskipti, afnæmingar, meðferðir með einstofna mótefnum og ónæmisbælandi / ónæmisstýrandi lyfjum. Í hverjum tíma mun kennari gefa yfirlit yfir ákveðið efni ónæmisfræðinnar og síðan verður farið saman yfir grein(ar) þar sem einn nemandi sér um kynningu hverrar greinar sem allir nemendur taka þátt í að ræða. 

Sameindaerfðafræði (LÍF644M)

Fyrirlestrar: Sameindagrunnur lífsins (efnatengi, lífefni, bygging stórsameinda DNA, RNA og próteina). Erfðamengi dreifkjörnunga og heilkjörnunga. Skipulag erfðaefnisins, litningar, litni og litnisagnir. Stjórn DNA eftirmyndunar og frumuhringsins. DNA eftirmyndun. Aðskilnaður litninga og frumuskipting. Umritun. Stjórn umritunar. Verkun RNA sameinda. Þýðing mRNA í prótein. Stjórnkerfi þýðingar. Hlutverk RNA sameinda í stjórn genatjáningar. Prótein-umbreytingar og umferðarstjórn innan frumna. DNA skemmdir, varðstöðvar og DNA viðgerðir. Endurröðun og viðgerðir á tvíþátta DNA brotum. Stökklar og staðbundin endurröðun. Helstu aðferðir sameindalíffræðinnar og tilraunalífverur.

Umræðutímar: Nemendur hafa framsögu um og ræða valdar rannsóknagreinar og skila inn útdrætti úr greininni.

Verklegar æfingar: Unnið verður að verkefni í sameindaerfðafræði sem tengist rannsóknum kennara og býður upp á notkun helstu aðferða sameindaerfðafræðinnar svo sem genaferjun, DNA mögnun og raðgreiningu, ummyndun og einangrun plasmíða, skerðikortlagningu, og rafdrátt bæði kjarnsýra og próteina.

Próf: Verklegt 10%, umræðufundir og skrifleg verkefni 15%, skriflegt próf 75%.

Frumulíffræði II (LÍF614M)

Áherslan er á rannsóknagreinar. Nýlegar rannsóknir á ýmsum sérsviðum frumulíffræði verða til umfjöllunar og er það breytilegt hverju sinni. Fyrir hvern fyrirlestur eru lagðar mest fram þrjár greinar.

Hver nemandi hefur framsögu um eina nýlega rannsóknargrein þar sem ítarlega er gert grein fyrir aðferðum og niðurstöðum. Nemandinn skrifar ritgerð um rannsóknargreinina og ræðir túlkun niðurstaðna á gagnrýninn hátt.

Dæmi um sérsvið sem hefur verið fjallað um: Náttúrulegt ónæmi, príon, pontin og reptin próteinin, skautun þekjufruma, þroskun loftæða, gagnagreining á genatjáningargögnum, sjálfsát, uppruni kjarnans.